1. Ανώτατο όργανο διοίκησης του Οργανισμού είναι το Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο φέρει το τεκμήριο της αρμοδιότητας για κάθε απόφαση που αφορά τη λειτουργία του και δεν εμπίπτει ρητώς στην αρμοδιότητα άλλου συλλογικού ή μονοπρόσωπου οργάνου, κατά τις ρυθμίσεις του παρόντος νόμου. Μονοπρόσωπα όργανα διοίκησης είναι ο Γενικός Διευθυντής και οι Διευθυντές.
2. Το Διοικητικό Συμβούλιο του συνιστώμενου «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης» είναι εννεαμελές και αποτελείται από διακεκριμένες προσωπικότητες των Τεχνών, των Γραμμάτων και των Επιστημών. Τα μέλη του διορίζονται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Η θητεία των μελών είναι τριετής και μπορεί να ανανεώνεται με τον ίδιο τρόπο. Μέλος διοριζόμενο σε αντικατάσταση άλλου, που παραιτήθηκε ή άλλως εξέλιπε, διανύει το υπόλοιπο της θητείας του προκατόχου του.
3. Ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος και δύο μέλη του εννεαμελούς Διοικητικού Συμβουλίου επιλέγονται από τον Υπουργό Πολιτισμού. Δύο από τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού υποδεικνύονται από το Διοικητικό Συμβούλιο του κοινωφελούς ιδρύματος “Μακεδονικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης», προερχόμενα από τα εκλεγόμενα σύμφωνα με τον οργανισμό αυτού μέλη του. Στο εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο του Οργανισμού συμμετέχουν επίσης ως τακτικά μέλη ο εκάστοτε Πρόεδρος της Διεθνούς Εκθεσης Θεσσαλονίκης ή ο εκπρόσωπος που αυτός ορίζει, εκπρόσωπος του Δήμου Θεσσαλονίκης, που υποδεικνύεται από το Δήμαρχο, καθώς και ο Πρόεδρος της Εφορείας του Μουσείου Φωτογραφίας Θεσσαλονίκης. Η τήρηση των πρακτικών των συνεδριάσεων ανατίθεται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου σε ανώτερο διοικητικό υπάλληλο του Οργανισμού.
4. Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι αρμόδιο για όλα, γενικώς, τα ζητήματα, που αφορούν στη διοίκηση και διαχείριση του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης», καθώς και για κάθε άλλο θέμα, με εξαίρεση αυτά, για τα οποία αποκλειστικά αρμόδιος είναι ο Γενικός Διευθυντής και οι Διευθυντές. Ιδίως δε το Διοικητικό Συμβούλιο:
(α) Χαράσσει τη γενική πολιτιστική πολιτική και στρατηγική του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης» μέσα στο πλαίσιο της κείμενης νομοθεσίας, του εσωτερικού κανονισμού και των οικονομικών δυνατοτήτων του.
(β) Εγκρίνει, μετά από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή και της Καλλιτεχνικής Επιτροπής, το γενικό σχεδιασμό, τον ετήσιο καλλιτεχνικό και εκπαιδευτικό προγραμματισμό και τους σχετικούς επιμέρους προϋπολογισμούς υλοποίησής τους από τις Διευθύνσεις του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης».
(γ) Αποδέχεται δωρεές, εισφορές, χορηγίες, συνάπτει δάνεια και προβαίνει σε κάθε νόμιμη εκμετάλλευση των περιουσιακών στοιχείων του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης» στο πλαίσιο των σκοπών του.
(δ) Ασκεί πειθαρχική εξουσία σε δεύτερο βαθμό για όλο το προσωπικό του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης».
(ε) Εγκρίνει, μετά από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή, τον ετήσιο προϋπολογισμό, την ετήσια έκθεση πεπραγμένων και τον οικονομικό απολογισμό, τα οποία στη συνέχεια υποβάλλει στον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού.
(στ) Αποφασίζει, μετά από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή, για την πρόσληψη του πάσης φύσεως προσωπικού και συνεργατών του Οργανισμού καθώς και για τις μεταβολές στους όρους απασχόλησής τους ή την απόλυσή τους.
(ζ) Διενεργεί έλεγχο νομιμότητας επί των πράξεων του Γενικού Διευθυντή και των Διευθυντών.
5. Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει τουλάχιστον μία φορά το μήνα στην έδρα του Οργανισμού και έχει απαρτία αν είναι παρόντα τουλάχιστον πέντε μέλη, μεταξύ των οποίων ο Πρόεδρος ή ο Αντιπρόεδρος ή ο νόμιμος αναπληρωτής τους. Επιτρέπεται, κατόπιν έγγραφης εξουσιοδότησης, μόνον μία αντιπροσώπευση μέλους του Διοικητικού Συμβουλίου στις συνεδριάσεις από άλλο μέλος, όχι όμως από τον Πρόεδρο ή τον Αντιπρόεδρο, εάν ασκεί χρέη Προέδρου. Το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί επίσης να συνεδριάζει με τη χρήση ηλεκτρονικών μέσων (τηλεδιάσκεψης), κατά τους όρους του άρθρου 13 του Ν. 2690/1999 (ΦΕΚ Α΄ 45).
6. Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου συγκαλεί το Διοικητικό Συμβούλιο, προεδρεύει των συνεδριάσεών του και καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, αφού λάβει υπ’ όψιν του απόψεις που τυχόν διατυπώνονται από τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου. Τρεις τουλάχιστον ημέρες πριν από κάθε συνεδρίαση ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου απευθύνει στα μέλη πρόσκληση, στην οποία αναγράφεται η ημέρα και η ώρα της συνεδρίασης, καθώς και τα θέματα της ημερήσιας διάταξης. Κατόπιν απόφασης των παρόντων μελών του Διοικητικού Συμβουλίου μπορεί να συζητηθεί κατά τη συνεδρίαση και θέμα, το οποίο δεν είχε αρχικά συμπεριληφθεί στην ημερήσια διάταξη. Για τις συζητήσεις και τις αποφάσεις τηρούνται πρακτικά που καθαρογράφονται από τον υπεύθυνο για την τήρησή τους υπάλληλο, ελέγχονται από τον Γραμματέα και υπογράφονται από τους παρόντες, σε εύλογο χρονικό διάστημα, όχι μεγαλύτερο των τριών συνεδριάσεων.
7. Στις συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου μετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, ο Γενικός Διευθυντής του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης», ο οποίος εκτελεί χρέη εισηγητή στο Διοικητικό Συμβούλιο για θέματα των αρμοδιοτήτων του. Ως εισηγητές για θέματα των αρμοδιοτήτων τους μπορούν να κληθούν, εφόσον το κρίνει αναγκαίο το Διοικητικό Συμβούλιο, και οι επικεφαλής των επιμέρους Διευθύνσεων.
8. Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου εκπροσωπεί τον Οργανισμό δικαστικά και εξώδικα. Συνομολογεί και υπογράφει κάθε σύμβαση που εγκρίνει το Διοικητικό Συμβούλιο.
9. Το Διοικητικό Συμβούλιο, με απόφασή του που λαμβάνεται μετά από πρόταση του Προέδρου του, μπορεί να αναθέτει την εκπροσώπηση του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης», κατά περίπτωση, στον Αντιπρόεδρο, ή σε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου. Τον Πρόεδρο, απόντα ή κωλυόμενο, αναπληρώνει ο Αντιπρόεδρος και, σε κάθε περίπτωση, ένας σύμβουλος, ο οποίος ορίζεται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου. Η αναπλήρωση του Προέδρου δεν μπορεί να εκτείνεται πέραν των έξι μηνών.
10. Το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί να αναθέτει σε οποιοδήποτε από τα μέλη ειδικά καθήκοντα, σχετικά με τις αρμοδιότητές του, καθώς και καθήκοντα Γραμματέα του Συμβουλίου.
11. Με όμοια απόφασή του, το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί να εξουσιοδοτεί τον Γενικό Διευθυντή ή τους Διευθυντές του Οργανισμού να ασκούν επιμέρους αρμοδιότητές του, ιδίως, δε, να διατάσσουν δαπάνες, το ύψος των οποίων δεν υπερβαίνει τη μέγιστη αξία για την οποία επιτρέπεται, κατά τις διατάξεις του δημοσίου λογιστικού, που ισχύουν κάθε φορά, η ανάθεση έργου ή υπηρεσίας με διαπραγμάτευση.
12. Η αποζημίωση των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου για κάθε συνεδρίαση καθορίζεται με Απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Πολιτισμού. Τα μέλη δύνανται αυτοβούλως να παραιτηθούν από αυτήν, υπέρ του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης».
13. Ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος και τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου δεν ασκούν καλλιτεχνικό έργο στον Μητροπολιτικό Οργανισμό Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης.