Τον προϋπολογισμό του Οργανισμού για κάθε διαχειριστική χρήση συντάσσει η αρμόδια υπηρεσία του (Διεύθυνση Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών), υπό την καθοδήγηση και την εποπτεία του Γενικού Διευθυντή, καθώς και σύμφωνα με τα σχέδια και τις προτάσεις των υπηρεσιών του, λαμβάνοντας υπόψη τις ανάγκες του Οργανισμού και τον προτεινόμενο σχεδιασμό του εκάστοτε έτους.
Ο Γενικός Διευθυντής προτείνει στο Δ.Σ. προς έγκριση τον ετήσιο προϋπολογισμό, κατόπιν εισήγησης του Προϊσταμένου Διεύθυνσης Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών.
Ο προϋπολογισμός υλοποιείται από τις υπηρεσίες του Οργανισμού με την καθοδήγηση, εποπτεία και ευθύνη του Προϊσταμένου Διεύθυνσης Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών.