Με απόφαση του Δ.Σ., η οποία εκδίδεται μετά από αιτιολογημένη εισήγηση του Διευθυντή, εκδίδεται ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Μουσείου, ο οποίος εγκρίνεται από τον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού και καθορίζει ειδικότερα θέματα σχετικά με την οργάνωση και τη λειτουργία του Μουσείου, ιδίως σχετικά με τη διάρθρωση των υπηρεσιών του, τις επιμέρους αρμοδιότητες, τα καθήκοντα και τον πειθαρχικό έλεγχο του προσωπικού του, καθώς και τους όρους και τη διαδικασία τροποποίησης του αριθμού των θέσεων και των κλάδων προσωπικού.