Η οικονομική διαχείριση του Μουσείου διενεργείται βάσει του προϋπολογισμού εσόδων και εξόδων, στον οποίο αναγράφονται όλα τα τακτικά και έκτακτα έσοδα και έξοδά του. Η απόφαση του Δ.Σ. ως προς τον προϋπολογισμό του Μουσείου εγκρίνεται από το αρμόδιο όργανο του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού.