1. Η Αρχή διαρθρώνεται σε οργανικές μονάδες, οι οποίες υπάγονται στον Διοικητή, ως εξής:
α. Γραφείο Διοικητή,
β. Γενική Διεύθυνση Επιτελικού Σχεδιασμού, στην οποία υπάγονται οι οργανικές μονάδες που ασκούν αρμοδιότητες επιτελικού, στρατηγικού και ρυθμιστικού χαρακτήρα, όπως ο σχεδιασμός και η εποπτεία της συμμόρφωσης προς το κανονιστικό πλαίσιο της κυβερνοασφάλειας, ο προγραμματισμός ελέγχων και επιθεωρήσεων, ο επενδυτικός σχεδιασμός στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της Αρχής που αφορούν στο Εθνικό Κέντρο Συντονισμού, ο καθορισμός προτεραιοτήτων για την έρευνα και την καινοτομία στον τομέα της κυβερνοασφάλειας, η προαγωγή των διεθνών συνεργασιών στον χώρο της κυβερνοασφάλειας, καθώς και η ενημέρωση, η εκπαίδευση και η ευαισθητοποίηση,
γ. Γενική Διεύθυνση Επιχειρησιακού Σχεδιασμού, στην οποία υπάγονται οι οργανικές μονάδες που ασκούν επιχειρησιακές και τεχνικές αρμοδιότητες, όπως η παρακολούθηση του κυβερνοχώρου, η αντιμετώπιση απειλών και η διασφάλιση επιχειρησιακής συνέχειας, η διαχείριση περιστατικών στον κυβερνοχώρο, η λειτουργία του Κέντρου Επιχειρήσεων Κυβερνοασφάλειας (Security Operations Centre), της Ομάδας Απόκρισης Συμβάντων στον Κυβερνοχώρο (CERT) και του Εργαστηρίου Αναλύσεων, Δοκιμών και Ερευνών (Forensics & Testing Lab).
2. Στην Αρχή λειτουργούν Κέντρο Επιχειρήσεων Κυβερνοασφάλειας (Security Operations Centre), Ομάδα Απόκρισης Συμβάντων στον Κυβερνοχώρο (CSIRT), καθώς και Εργαστήριο Αναλύσεων, Δοκιμών και Ερευνών (Forensics & Testing Lab).