- Οι πιστώσεις για τη λειτουργία της ΟΔ.Υ.Σ.Ε.ΑΣ. εγγράφονται σε ειδικό φορέα του προϋπολογισμού του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών.
- Τον προϋπολογισμό της ΟΔ.Υ.Σ.Ε.ΑΣ. εγκρίνει ο Διοικητής της, ο οποίος είναι και διατάκτης των δαπανών της. Οι σχετικές δαπάνες εκκαθαρίζονται από το Τμήμα Προϋπολογισμού και Οικονομικής Διαχείρισης της ΟΔ.Υ.Σ.Ε.ΑΣ. Ο ετήσιος προϋπολογισμός εναρμονίζεται με τις δημοσιονομικές πολιτικές του εποπτεύοντος Υπουργείου και με τον ν. 4270/2014 (Α’ 143).