Η Μονάδα Θεσμικής Προστασίας οργανώνει και συντονίζει πολιτικές για την ορθή και αποτελεσματική εφαρμογή των κανόνων, ευρωπαϊκών, διεθνών και εθνικών, που ισχύουν για την επιτροπεία των ασυνόδευτων ανηλίκων, μέσω:
α) της κατάρτισης πρότυπων διαδικασιών άσκησης των επιτροπικών καθηκόντων,
β) του καθορισμού δεικτών αξιολόγησης του βέλτιστου συμφέροντος του ασυνόδευτου ανηλίκου σε συνεργασία με διεθνείς οργανισμούς και τον Οργανισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης για το Άσυλο και των διαδικασιών καθορισμού του βέλτιστου συμφέροντος,
γ) της χάραξης κατευθυντήριων γραμμών και οδηγιών σε θέματα επιτροπείας και εκπαίδευσης επιτρόπων, και
δ) της ανταλλαγής βέλτιστων πρακτικών μεταξύ υπηρεσιών, αρχών και φορέων ιδιωτικού τομέα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα.