1. Με γνώμονα την αποτελεσματικότερη απόδοση των διατιθέμενων πόρων, η Μονάδα Θεσμικής Προστασίας εισηγείται και υποβάλλει προτάσεις για τη χρηματοδότηση, σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο, δράσεων και προγραμμάτων επιτροπείας των ασυνόδευτων ανηλίκων.
2. Το Ε.Σ.Ε.Α.Α. δύναται να χρηματοδοτείται από:
α) το εθνικό και συγχρηματοδοτούμενο σκέλος του προγράμματος δημοσίων επενδύσεων για υλοποίηση δράσεων διεθνούς προστασίας, μετανάστευσης και κοινωνικής ένταξης ασυνόδευτων ανηλίκων,
β) τις πιστώσεις του τακτικού προϋπολογισμού του Υπουργείου Μετανάστευσης και Ασύλου,
γ) ίδιους πόρους των Φ.Π.Υ.Ε.,
δ) δωρεές και κληροδοτήματα,
ε) χρηματοδοτήσεις προγραμμάτων από διεθνείς οργανισμούς,
στ) άλλους πόρους.