Με τον Οργανισμό του Φ.Α.Α.Ε.Δ. καθορίζεται η κατανομή των οργανικών θέσεων, η οργάνωση, η διάρθρωση και οι αρμοδιότητες των υπηρεσιών του, τα περιγράμματα θέσεων εργασίας, τα καθήκοντα του προσωπικού του, οι κλάδοι και οι ειδικότητες του πολιτικού προσωπικού και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για την οργάνωση του Φ.Α.Α.Ε.Δ..