- Ο Φ.Α.Α.Ε.Δ. εγγράφεται στο Μητρώο Φορέων Γενικής Κυβέρνησης βάσει της περ. β) της παρ. 1 του άρθρου 14 του ν. 4270/2014 (Α΄ 143) και υποβάλλει αναφορές στο Ελεγκτικό Συνέδριο σύμφωνα με το άρθρο 180 του ν. 4820/2021 (Α΄ 130), περί επιχορηγήσεων και χρηματοδοτήσεων από δημόσιους πόρους, και τις διατάξεις του π.δ. 54/2018 (Α΄ 103), περί ορισμού του περιεχομένου και του χρόνου έναρξης της εφαρμογής του Λογιστικού Πλαισίου της Γενικής Κυβέρνησης.
- Με απόφαση του Υπουργού Εθνικής Άμυνας, μπορεί να διενεργείται ειδικός οικονομικός έλεγχος στον Φ.Α.Α.Ε.Δ. από εξειδικευμένες ελεγκτικές εταιρείες.