Η Γραμματεία του ΝΣΚ υπάγεται απευθείας στον Πρόεδρο και αποτελείται από τα Γραφεία: α) Διοίκησης, β) Κυρίου Προσωπικού, γ) Μελετών, Επιστημονικών Δραστηριοτήτων και Δημοσίων Σχέσεων. Διευθύνεται από Νομικό Σύμβουλο του Κράτους, που ορίζεται με απόφαση του Προέδρου, με τον αναπληρωτή του. Ο Προϊστάμενος της Γραμματείας, με πράξη του, μπορεί να εξουσιοδοτήσει τον Γραμματέα του ΝΣΚ για την υπογραφή εγγράφων κατ’ εντολή του.