1. Όπου δεν ορίζεται διαφορετικά, οι διατάξεις του Κώδικα εφαρμόζονται και στις κοινωφελείς περιουσίες που υφίστανται κατά το χρόνο δημοσίευσής του, ανεξάρτητα από τον τρόπο σύστασής τους. Διαδικασίες, που έχουν ήδη αρχίσει, δεν ανατρέπονται, εκτός αν ήδη καταργούνται, οι εφεξής όμως διαδικαστικές ενέργειες διεξάγονται κατά τις διατάξεις του Κώδικα.
2. Η νομική μορφή των ήδη συνεστημένων περιουσιών δεν ανατρέπεται με τις διατάξεις του παρόντος Κώδικα.
3. Αν δεν ορίζεται αλλιώς, οι διατάξεις του παρόντος Κώδικα εφαρμόζονται και σε περιουσίες για τις οποίες αρμόδια αρχή είναι άλλη, πλην του Υπουργού Οικονομικών και του Γ.Γ.Α.Διοίκησης. Ειδικές διατάξεις που αφορούν την ίδρυση και εποπτεία συγκεκριμένων περιουσιών εξακολουθούν να ισχύουν, μπορεί όμως να τροποποιούνται με προεδρικό διάταγμα για την εναρμόνισή τους με τις διατάξεις του Κώδικα.
4. Μέχρι την έκδοση των προεδρικών διαταγμάτων και λοιπών κανονιστικών πράξεων, που προβλέπονται στον παρόντα νόμο, ισχύουν ανάλογα οι μέχρι τώρα διέπουσες τα αντίστοιχα ζητήματα διατάξεις, εφόσον δεν αντίκεινται στις διατάξεις του παρόντος κώδικα.
5. Μέχρι την σύναψη της συμφωνίας – πλαισίου του άρθρου 21 του παρόντος, ο έλεγχος επί των κοινωφελών περιουσιών και η εκτίμηση της αγοραίας αξίας των ακινήτων για την εφαρμογή των διατάξεων του παρόντος διενεργείται σύμφωνα με τις ισχύουσες μέχρι τούδε διατάξεις. Για το μεταβατικό αυτό διάστημα όσοι διαχειρίζονται περιουσίες µε ετήσια έσοδα περισσότερα από 50.000 ευρώ ή µε ενεργητικό µεγαλύτερο των 3.000.000 ευρώ, μπορούν να αναθέτουν, µε δαπάνη της περιουσίας, τον ετήσιο έλεγχό της σε ορκωτό ελεγκτή. Η ανάθεση αυτή είναι υποχρεωτική προκειµένου για περιουσίες µε ετήσια έσοδα περισσότερα από 150.000 ευρώ ή µε ενεργητικό µεγαλύτερο των 10.000.000 ευρώ.
6. Μέχρι την έναρξη λειτουργίας του Μητρώου του άρθρου 16, ο διορισμός των εκκαθαριστών, εκτελεστών, διαχειριστών κοινωφελούς περιουσίας ή ιδρύματος και κηδεμόνων σχολαζουσών κληρονομιών γίνεται με κλήρωση που διενεργεί το Συμβούλιο της αρμόδιας αρχής από τον πίνακα που τηρείται στο Υπουργείο Οικονομικών.
7. Για χρονική περίοδο ενός έτους από την έναρξη ισχύος του παρόντος κώδικα, μπορούν να συνιστώνται, με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, στις αρμόδιες αρχές του άρθρου 2 ομάδες έργου αποτελούμενες από υπαλλήλους της οικείας αρμόδιας αρχής και ιδιώτες με σκοπό τον καθορισμό των απαιτούμενων ενεργειών σε σχέση με τις εκκρεμείς υποθέσεις περιουσιών του παρόντος. Ειδικά για τη σύσταση ομάδων στις Γ.Γ. Απ. Διοίκησης, για την έκδοση της απόφασης συμπράττει και ο Υπουργός Εσωτερικών. Η αμοιβή των μελών των παραπάνω ομάδων καθορίζεται σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 21 του ν. 4024/2011. Κατά την εκτέλεση του έργου, τα μέλη της ομάδας τελούν υπό τις οδηγίες, το έλεγχο και την εποπτεία του Προϊσταμένου της αρμόδιας αρχής. Η λειτουργία των ομάδων παύει αυτοδικαίως με την παρέλευσης δεκαοχτώ μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος Κώδικα. Με την απόφαση σύστασης των ομάδων μπορεί να καθορίζεται και κάθε ειδικότερο θέμα για τη λειτουργία τους.
8. Με την επιφύλαξη όσων ορίζονται στις λοιπές διατάξεις του παρόντος κώδικα, από την έναρξη ισχύος αυτού, καταργούνται:
α) ο α.ν. 2039/1939 «περί τροποποιήσεως, συμπληρώσεως και κωδικοποιήσεως των Νόμων περί εκκαθαρίσεως και διοικήσεως των εις το Κράτος και υπέρ κοινωφελών σκοπών καταλειπομένων κληρονομιών, κληροδοσιών και δωρεών» (Α΄455), όπως ισχύει,
β) το ν. δ. 430/1970 «περί αποσβέσεως του δικαιώματος προβολής ακυρότητος διατάξεως τελευταίας βουλήσεως ως προς το καταλειπόμενον υπέρ του Δημοσίου ή κοινωφελούς σκοπού» (Α΄ 25),
γ) ο ν. 455/1976 «Περί επωφελεστέρας αξιοποιήσεως ή διαθέσεως των υπέρ κοινωφελούς σκοπού καταλειφθέντων ή δωρηθέντων περιουσιακών στοιχείων…» (Α΄ 277)
δ) το β.δ. 18/9-20/10/1947 «περί διοικητικής εποπτείας επί των κηδεμόνων σχολαζουσών κληρονομιών κ.λ.π.» (Α΄ 223),
ε) τα άρθρα 1865, 1866 εδάφιο δεύτερο και 1869 του Αστικού Κώδικα,
στ) το διάταγμα της 25-11-1933 (Α΄372).
ζ) κάθε γενική ή ειδική διάταξη, η οποία αφορά θέματα, που ρυθμίζονται από αυτόν ή αντίκεινται στις διατάξεις του.
9. Κάθε παραπομπή στον α.ν. 2039/1939 ή γενικά στη νομοθεσία περί Εθνικών Κληροδοτημάτων, νοείται από την έναρξη ισχύος του παρόντος κώδικα ότι γίνεται στις αντίστοιχες διατάξεις του.