1. Τα ιδρύματα υποβάλλουν κάθε έτος στην αρμόδια αρχή προϋπολογισμό, απολογισμό και ισολογισμό. Συντάσσουν επίσης ανά διετία σχέδια διαχείρισης και αξιοποίησης της περιουσίας.
2. Ο προϋπολογισμός και ο απολογισμός των εσόδων και εξόδων των ιδρυμάτων, καθώς και ισολογισμός τους συντάσσονται με βάση τις ρυθμίσεις του Π.Δ. της παρ. 3 του άρθρου 34. Αν εκτελούνται περισσότεροι σκοποί, εμφανίζονται στον προϋπολογισμό σε ιδιαίτερα κεφάλαια. Μαζί με τον απολογισμό καταρτίζεται και υποβάλλεται γενικός ισολογισμός της περιουσίας του ιδρύματος, στον οποίο περιλαμβάνεται η γενική κατάσταση του ενεργητικού και παθητικού κατά τη λήξη του οικονομικού έτους και όλες οι μεταβολές στα περιουσιακά στοιχεία του ιδρύματος κατά τη διάρκεια του οικονομικού έτους, που αναγράφονται σε ιδιαίτερες απολογιστικές καταστάσεις. Ο προϋπολογισμός, ισολογισμός και απολογισμός αναρτώνται στο διαδικτυακό τόπο του ιδρύματος, εφόσον υπάρχει και αποστέλλονται για ανάρτηση στο διαδικτυακό τόπο της αρμόδιας αρχής. Η παράλειψη ανάρτησης στο διαδίκτυο αποτελεί παράβαση υποχρέωσης, η οποία τιμωρείται σύμφωνα με την παρ 2 α΄ του άρθρου 71.
3. Η οικονομική διαχείριση των ιδρυμάτων είναι ετήσια και συμπίπτει με το ημερολογιακό έτος. Για ορισμένες κατηγορίες ιδρυμάτων μπορεί με απόφαση της αρμόδιας αρχής να ορίζεται διαφορετική διαχειριστική περίοδος, αν υπάρχουν ειδικοί λόγοι.
Ο προϋπολογισμός των εσόδων και εξόδων υποβάλλεται τρεις (3) μήνες πριν από την έναρξη του οικονομικού έτους, ο δε απολογισμός μαζί με τον ισολογισμό μέσα σε δύο (2) μήνες από τη λήξη του. Αν διαπιστώνεται αδικαιολόγητη καθυστέρηση ή άρνηση υποβολής των ετήσιων προϋπολογισμών και απολογισμών, η αρμόδια αρχή εκδίδει άμεσα και κοινοποιεί ειδοποίηση στα πιστωτικά ιδρύματα, στα οποία υπάρχουν καταθέσεις των ιδρυμάτων, τα οποία υποχρεούνται να αρνούνται την απόδοση των καταθέσεων, όπως και την εκτέλεση εντολής πληρωμής σε βάρος των καταθέσεων αυτών, ευθύνονται δε έναντι του ιδρύματος για κάθε ζημιά, που υπέστη από την παράλειψή τους. Την αγωγή στην περίπτωση αυτή μπορεί να εγείρει και το Δημόσιο.
4. Οι προϋπολογισμοί και απολογισμοί εγκρίνονται με πράξη της αρμόδιας αρχής. Με την πράξη έγκρισης επιτρέπεται η τροποποίηση των ποσών των εσόδων και εξόδων που αναγράφονται στον προϋπολογισμό ή η εγγραφή νέων εσόδων και εξόδων για λόγους νομιμότητας ή ασυμφωνίας με τους ορισμούς ή το σκοπό της συστατικής πράξης ή αν οι δαπάνες κρίνονται υπερβολικές σε σχέση με τον επιδιωκόμενο σκοπό και τα διατιθέμενα για την εκπλήρωσή του ποσά, οπότε περικόπτονται στο εύλογο μέτρο. Μέχρι την έγκριση, η διοίκηση των εσόδων και εξόδων του ιδρύματος ενεργείται με βάση τον προϋπολογισμό, που εγκρίθηκε το προηγούμενο έτος. Αν ο προϋπολογισμός δεν εγκριθεί εντός τεσσάρων (4) μηνών από την υποβολή του και η διοίκηση των εσόδων και εξόδων δεν μπορεί να ενεργηθεί σύμφωνα με το προηγούμενο εδάφιο, εκτελείται με υπεύθυνη δήλωση της διοίκησης του ιδρύματος ή του διαχειριστή, για την αναγκαιότητα ή το επείγον της δαπάνης.
5. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών μπορεί να ορίζονται οι λεπτομέρειες κατάρτισης των προϋπολογισμών και απολογισμών, του περιεχομένου τους, των υποβαλλόμενων δικαιολογητικών και των βιβλίων, που τηρούνται από τα ιδρύματα, του τρόπου πληρωμής των εξόδων των ιδρυμάτων και είσπραξης των εσόδων τους και λοιπών συναφών ζητημάτων.
6. Στις περιουσίες του παρόντος κεφαλαίου με ετήσια έσοδα περισσότερα από πενήντα χιλιάδες (50.000) ευρώ ή με ενεργητικό μεγαλύτερο από δύο εκατομμύρια (2.000.000) ευρώ, διενεργείται ετήσιος τακτικός έλεγχος της διαχείρισης από ελεγκτικά γραφεία του άρθρου 21. Για περιουσίες που δεν υπερβαίνουν τα πιο πάνω όρια διενεργείται έλεγχος δειγματοληπτικός κατά την κρίση της αρμόδιας αρχής. Για την υποβολή έκθεσης, το επανέλεγχο και τον καταλογισμό εφαρμόζονται οι διατάξεις των παρ. 3 – 6 του άρθρου 31.
Η αρμόδια αρχή μπορεί να ζητεί την διενέργεια έκτακτου διαχειριστικού ελέγχου από ελεγκτικά γραφεία και σε κάθε άλλη περίπτωση.
7. Οι διατάξεις του παρόντος και του επομένου άρθρου εφαρμόζονται και επί των περιουσιών της παραγράφου 2 του άρθρου 50. Για κάθε κεφάλαιο αυτοτελούς διαχείρισης υποβάλλεται ιδιαίτερος προϋπολογισμός, απολογισμός και ισολογισμός.