1. Έργα της παραγράφου 1 του άρθρου 12 που κατασκευάστηκαν πριν την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου στον αιγιαλό, την παραλία ή τη θάλασσα, την όχθη, την παρόχθια ζώνη και το υδάτινο στοιχείο ποταμών και λιμνών του άρθρου 2 παρ. 2, χωρίς να υφίσταται απόφαση παραχώρησης της χρήσης, μπορούν να νομιμοποιηθούν με απόφαση του αρμόδιου κατά την παρ. 1 του άρθρου 12 οργάνου. Σχετικώς υποβάλλεται αίτηση του ενδιαφερόμενου προς την αρμόδια Κτηματική Υπηρεσία εντός ενός έτους από τη δημοσίευση του παρόντος νόμου συνοδευόμενη από α) τεχνική περιγραφή του έργου, β) εξαρτημένο τοπογραφικό διάγραμμα με κλίμακα 1:500, γ) φωτογραφίες και χάρτη της ευρύτερης περιοχής με την ακριβή θέση του έργου. Η προθεσμία υποβολής της αίτησης μπορεί να παρατείνεται με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών.
2. Με την αίτηση συνυποβάλλεται η απόφαση έγκρισης περιβαλλοντικών όρων του έργου, αν απαιτείται η έκδοσή της από την υφιστάμενη νομοθεσία Αν δεν υφίσταται τέτοια απόφαση, ζητείται η χορήγηση προθεσμίας για την έκδοση απόφασης έγκρισης περιβαλλοντικών όρων λειτουργίας του έργου, σύμφωνα με το Ν. 4014/11, όπως ισχύει. Η προθεσμία χορηγείται από το αρμόδιο κατά την παράγραφο 1 όργανο και δεν μπορεί να υπερβαίνει τα πέντε (5) έτη. Αν η προθεσμία παρέλθει άπρακτη, η αίτηση νομιμοποίησης απορρίπτεται.
Αν για την κατασκευή του έργου δεν απαιτείται η έκδοση έγκρισης περιβαλλοντικών όρων, υποβάλλεται έκθεση του αιτούντος στην αρμόδια για την προστασία του περιβάλλοντος υπηρεσία της οικείας Περιφέρειας, στην οποία περιγράφονται οι οχλήσεις στο περιβάλλον από την εξακολούθηση της λειτουργίας του έργου και προτείνονται τα ενδεικνυόμενα μέτρα για την άρση ή την ελαχιστοποίηση των οχλήσεων. Επί της έκθεσης εκδίδεται συνοπτική γνωμοδότηση της υπηρεσίας για τις περιβαλλοντικές επιπτώσεις από τη λειτουργία του έργου και τους όρους ελαχιστοποίησης των επιβλαβών επιδράσεων, ύστερα από γνώμη της αρμόδιας για την ασφάλεια της ναυσιπλοΐας υπηρεσίας του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας.
3. Η απόφαση νομιμοποίησης των κατασκευών εκδίδεται με εισήγηση της Κτηματικής Υπηρεσίας και μπορούν να τίθενται όροι για τη νομιμοποίηση, ιδίως για τις απαιτούμενες κατασκευές και την απομάκρυνση κατασκευών οι οποίες δεν μπορούν να νομιμοποιηθούν με δαπάνη του αιτούντος, ορίζεται δε το όργανο διαπίστωσης της τήρησης των όρων. Αν οι όροι νομιμοποίησης δεν τηρηθούν, η απόφαση νομιμοποίησης ανακαλείται.
4. Προϋπόθεση για τη νομιμοποίηση των έργων είναι η καταβολή ή ο νόμιμος διακανονισμός της αποζημίωσης αυθαίρετης χρήσης που καθορίζεται από την Κτηματική Υπηρεσία για την παράνομη χρήση της έκτασης, για χρόνο που δεν μπορεί να υπερβαίνει την πενταετία πριν την υποβολή της αίτησης της παραγράφου 1. Η κατ΄έτος αποζημίωση ορίζεται σε ποσό αντίστοιχο με το εφεξής καταβαλλόμενο ετήσιο αντάλλαγμα για την χρήση του χώρου του έργου. Αν η αίτηση νομιμοποίησης απορριφθεί, το παράνομο έργο κατεδαφίζεται με δαπάνη του αιτούντος ή επιβάλλεται, για όσο χρόνο δεν κατεδαφίζεται, αποζημίωση αυθαίρετης χρήσης και επιπλέον πρόστιμο διατήρησης που ανέρχεται στο τριπλάσιο της αποζημίωσης. Αν η κατεδάφιση γίνει από υπηρεσίες του δημοσίου το κόστος βαρύνει τον αυθαίρετο χρήστη του έργου.