Εάν με την επεξεργασία της δήλωσης προκύψει ότι δεν συντρέχουν οι ανωτέρω προϋποθέσεις προέγκρισης της συναλλαγής, η Φορολογική Διοίκηση, εκδίδει εντολή ελέγχου, με βάση την οποία ελέγχει σε κάθε περίπτωση εάν οι συγκεκριμένες δαπάνες αφορούν πραγματικές και συνήθεις συναλλαγές και δεν έχουν ως αποτέλεσμα τη μεταφορά κερδών ή εισοδημάτων ή κεφαλαίου με σκοπό τη φοροαποφυγή ή φοροδιαφυγή.
Ο φορολογικός έλεγχος, λαμβάνει υπόψη του στοιχεία από τα οποία αποδεικνύεται ότι η συναλλαγή πραγματικά έχει λάβει χώρα και ότι έχει αποφέρει πραγματικό οικονομικό όφελος στην ελεγχόμενη επιχείρηση που πραγματοποίησε τις σχετικές δαπάνες.
Στην περίπτωση εκπρόθεσμης δήλωσης γνωστοποίησης της συναλλαγής, από την οποία προκύπτει έγκριση της συναλλαγής, ο υπόχρεος απαλλάσσεται από την υποχρέωση καταβολής του προκαταβλητέου φόρου και εκδίδεται εντολή ελέγχου εάν η αξία της συναλλαγής συναθροιζόμενη με άλλες συναλλαγές κατά το φορολογικό έτος που αφορά υπερβαίνει τα 10.000 ευρώ.
Επιπλέον με βάση την δήλωση γνωστοποίησης της συναλλαγής από την οποία χορηγήθηκε προέγκριση, δύναται να πραγματοποιηθεί δειγματοληπτικός μερικός έλεγχος στον υπόχρεο. Ο έλεγχος αυτός μπορεί να γίνεται πριν τη διενέργεια της συναλλαγής ή την ολοκλήρωση της συναλλαγής. Ο υπόχρεος απαιτείται να προσκομίσει τον πλήρη φάκελο με τα απαραίτητα αποδεικτικά τεκμήρια εντός δεκαπέντε (15) ημερών από την έκδοση της εντολής ελέγχου καθώς και όποιο άλλο στοιχείο κρίνει η Φορολογική Διοίκηση κατά τη διενέργεια του φορολογικού ελέγχου. Κατά τη διενέργεια του φορολογικού ελέγχου η Φορολογική Διοίκηση μπορεί να αναζητήσει οποιοδήποτε στοιχείο κρίνει πρόσφορο σχετικά με την αναγνώριση ή μη της συναλλαγής, με βάση τα πραγματικά στοιχεία, και δεν περιορίζεται στις προϋποθέσεις οι οποίες ισχύουν για την προέγκριση της συναλλαγής.
Εάν μετά την ολοκλήρωση του ελέγχου διαπιστωθεί ότι δεν πληρούνται οι προϋποθέσεις που είχαν συμπεριληφθεί στη δήλωση γνωστοποίησης της συναλλαγής του υπόχρεου, ή εάν διαπιστωθεί, βάσει των πραγματικών δεδομένων, ότι η συναλλαγή δεν είναι τελικά συνήθης και πραγματική και έχει ως αποτέλεσμα τη μεταφορά κερδών ή εισοδημάτων ή κεφαλαίου με σκοπό τη φοροαποφυγή ή φοροδιαφυγή, τότε αναζητείται αναδρομικά ο προκαταβλητέος φόρος, εφαρμοζομένων των διατάξεων του ν.4174/2013, και η συγκεκριμένη συναλλαγή δεν αναγνωρίζεται φορολογικά. Επίσης εφαρμόζονται όσα προβλέπονται από τις ισχύουσες γενικές φορολογικές διατάξεις.