1. Το Φορολογικό Διαιτητικό Δικαστήριο επιλαμβάνεται του έργου του κατόπιν αιτήσεως του φορολογουμένου, η οποία υποβάλλεται στο Σ.Φ.Δ. μέσα στην προθεσμία ασκήσεως της προσφυγής στο διοικητικό δικαστήριο και πρέπει να περιέχει όλα τα κατά τον Κώδικα Διοικητικής Δικονομίας στοιχεία του δικογράφου της προσφυγής. Αντίγραφο της αίτησης επιδίδεται, με τη φροντίδα του αιτούντος, στη φορολογική ή τελωνειακή αρχή που εξέδωσε την προσβαλλόμενη πράξη, μέσα σε προθεσμία δέκα πέντε (15) ημερών από την υποβολή της αίτησης. Η φορολογική ή τελωνειακή αρχή πρέπει, μέσα σε προθεσμία είκοσι (20) ημερών από την επίδοση, να διαβιβάσει την αίτηση, μαζί με αντίγραφο της προσβαλλόμενης πράξης και της οικείας έκθεσης ελέγχου, στον Υπουργό Οικονομικών, ο οποίος πρέπει να δηλώσει στο Σ.Φ.Δ. αν το Δημόσιο συμφωνεί για τη διαιτητική επίλυση της διαφοράς, μέσα σε προθεσμία δύο (2) μηνών από την επίδοση της αιτήσεως στην αρμόδια φορολογική ή τελωνειακή αρχή. Αν υποβληθεί θετική δήλωση, καλείται ο αιτών, με έγγραφο του Σ.Φ.Δ. που επιδίδεται σ’ αυτόν, να καταβάλει την προβλεπόμενη αμοιβή μέσα σε προθεσμία είκοσι (20) ημερών από την επίδοση, διαφορετικά η υπόθεση τίθεται στο αρχείο του Σ.Φ.Δ..
2. Αν η αίτηση διαιτητικής επίλυσης της διαφοράς υποβληθεί μετά την υποβολή αιτήσεως για διοικητική επίλυση της διαφοράς, κατά τις κείμενες διατάξεις, ή την άσκηση προσφυγής στο αρμόδιο διοικητικό δικαστήριο, αντίγραφό της και αντίγραφο της θετικής δηλώσεως του Δημοσίου για τη διαιτητική επίλυση της διαφοράς, καθώς και αντίγραφο του αποδεικτικού εγγράφου καταβολής της αμοιβής των διαιτητών, επιδίδονται, με τη φροντίδα του αιτούντος, στην αρμόδια φορολογική ή τελωνειακή αρχή και στον πρόεδρο του διοικητικού δικαστηρίου, κατά περίπτωση, οπότε η υπόθεση που εκκρεμεί στη φορολογική ή τελωνειακή αρχή ή στο δικαστήριο τίθεται στο αρχείο.
3. Αν η αίτηση για διαιτητική επίλυση της διαφοράς υποβληθεί πριν από την αίτηση διοικητικής επίλυσης της διαφοράς ή την άσκηση της προσφυγής, η προθεσμία για την υποβολή αίτησης διοικητικής επίλυσης της διαφοράς ή την άσκηση προσφυγής αρχίζει από την επίδοση στον αιτούντα βεβαίωσης του Σ.Φ.Δ. για την υποβολή της αρνητικής δήλωσης από το Δημόσιο για τη διαιτητική επίλυση της διαφοράς.
4. Αν κατατεθούν την ίδια ημέρα νη αίτηση για διαιτητική επίλυση της διαφοράς και η προσφυγή, θεωρείται ότι έχει κατατεθεί πρώτη η αίτηση για διαιτητική επίλυση της διαφοράς.
5. Η διαφορά επιλύεται από τρεις διαιτητές. Τον πρόεδρο των διαιτητών και τους διαιτητές ορίζει ο Πρόεδρος του Σ.Φ.Δ. ανά δικάσιμο κατ’ αλφαβητική σειρά του επωνύμου τους.
6. Η δικάσιμος για τη διαιτητική επίλυση της διαφοράς δεν μπορεί να απέχει περισσότερο από δύο (2) μήνες από την περιέλευση της θετικής δήλωσης του Δημοσίου για τη διαιτητική επίλυση της διαφοράς. Οι απόψεις της διοικητικής αρχής υποβάλλονται στο Σ.Φ.Δ. μέσα σε προθεσμία ενός μηνός από την υποβολή της θετικής δήλωσης. Η διαιτητική απόφαση εκδίδεται μέσα σε τρεις μήνες από τη συζήτηση της υποθέσεως. Αν η προθεσμία αυτή παρέλθει άπρακτη, παύει αυτοδικαίως η εξουσία των διαιτητών για επίλυση της διαφοράς και αναβιώνει η προθεσμία για τη υποβολή αίτησης διοικητικής επίλυσης της διαφοράς και την άσκηση προσφυγής, εκτός αν οι διάδικοι συμφωνήσουν ρητά για την παράταση της προθεσμίας για ορισμένο χρονικό διάστημα.
7. Το Φορολογικό Διαιτητικό Δικαστήριο έχει τις αρμοδιότητες της φορολογικής ή τελωνειακής αρχής σχετικά με τη διοικητική επίλυση της διαφοράς.
8. Για τη διαιτητική επίλυση των φορολογικών διαφορών εφαρμόζονται κατά λοιπά οι οικείες διατάξεις της φορολογικής ή τελωνειακής νομοθεσίας και του Κώδικα Διοικητικής Δικονομίας, όπως ισχύουν κάθε φορά.
9. Αν η αίτηση διαιτητικής επίλυσης της διαφοράς γίνει εν όλω ή εν μέρει δεκτή, η υπόθεση διαβιβάζεται στο διοικητικό δικαστήριο για να προβεί στην ακύρωση ή τροποποίηση της προσβαλλόμενης πράξεως. Αρμόδιο δικαστήριο είναι ο Πρόεδρος Πρωτοδικών, ο οποίος δικάζει κατά τη διαδικασία της παραγράφου 9 του άρθρου 13 του Ν. 2523/1997 (Α΄ 179), όπως η παράγραφος αυτή αντικαταστάθηκε με το άρθρο 51 του Ν. 3900/2010 (Α΄ 213).
10. Η αίτηση ακυρώσεως της διαιτητικής αποφάσεως, κατά τις διατάξεις των άρθρων 897 και 899 του Κώδικα Πολιτικής Δικονομίας, αναλόγως εφαρμοζόμενες, υπάγεται στην αρμοδιότητα του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών, το οποίο αποφαίνεται αμετακλήτως.