1. Όργανα διοίκησης της Ε.ΣΤ.Α. είναι, ο Πρόεδρος της Ε.ΣΤ.Α. και το Διοικητικό Συμβούλιο.
2. Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι εννεαμελές, έχει τετραετή θητεία και ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Αποτελείται από τον Πρόεδρο της Ε.ΣΤ.Α., ως Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου, τον Αντιπρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου που ορίζεται από τον Υπουργό των Οικονομικών, τον Πρόεδρο του Σώματος Οικονομικών Εμπειρογνωμόνων (ΣΟΕ), έναν εκπρόσωπο των εργαζομένων στην Ε.ΣΤ.Α., και από πέντε (5) μέλη που υποδεικνύονται αντίστοιχα από την Τράπεζα της Ελλάδος, την Οικονομική και Κοινωνική Επιτροπή (ΟΚΕ), το Ινστιτούτο Εργασίας της ΓΣΕΕ (ΙΝΕΓΣΕΕ), το Ίδρυμα Οικονομικών και Βιομηχανικών Ερευνών (ΙΟΒΕ) και το Εθνικό Κέντρο Κοινωνικών Ερευνών ( ΕΚΚΕ). Τα οριζόμενα, υποδεικνυόμενα ή εκλεγόμενα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου, πρέπει να είναι κάτοχοι πτυχίου ελληνικού ΑΕΙ ή ισότιμου αναγνωρισμένου τίτλου αλλοδαπού εκπαιδευτικού ιδρύματος.
3. Το Διοικητικό Συμβούλιο, είναι το ανώτατο όργανο διοίκησης της Ε.ΣΤ.Α., μεριμνά για την εκπλήρωση των σκοπών της και, με την επιφύλαξη των αρμοδιοτήτων του Προέδρου της Ε.ΣΤ.Α. όπως αυτές ορίζονται στο επόμενο άρθρο, αποφασίζει για κάθε θέμα και ειδικότερα για: α) τα επιχειρησιακά, εκπαιδευτικά και επενδυτικά προγράμματα που αναλαμβάνει και εκτελεί η Ε.ΣΤ.Α., τις προσλήψεις προσωπικού, τις συμβάσεις με δημόσιους, ιδιωτικούς ή διεθνείς φορείς, τις προμήθειες και την εκτέλεση έργων και β) τον ετήσιο προϋπολογισμό, απολογισμό και ισολογισμό της Ε.ΣΤ.Α.
Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.ΣΤ.Α. απολαύουν, κατά την άσκηση των καθηκόντων τους, προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας, δεσμεύονται μόνο από το νόμο και τη συνείδησή τους, και όσα από αυτά υποδεικνύονται, δεν εκπροσωπούν τους φορείς που τους πρότειναν. Το Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.ΣΤ.Α. συγκαλείται μετά από πρόσκληση του Προέδρου, στην οποία ορίζεται ο τόπος και ο χρόνος της συνεδρίασης. Στην πρόσκληση περιλαμβάνονται τα θέματα της ημερήσιας διάταξης. Όταν ο Πρόεδρος, κωλύεται, τότε το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί να συγκαλείται από τον Αντιπρόεδρο. Κατά τα λοιπά, για τη σύγκληση του Διοικητικού Συμβουλίου έχουν εφαρμογή οι σχετικές διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας.
Ο Πρόεδρος προεδρεύει του Διοικητικού Συμβουλίου. Τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου, όταν απουσιάζει ή κωλύεται, αναπληρώνει ο Αντιπρόεδρος. Το Συμβούλιο συνεδριάζει έγκυρα εφόσον παρίσταται πέντε (5) τουλάχιστον μέλη. Για την έγκυρη λήψη απόφασης απαιτείται απλή πλειοψηφία των παρόντων. Σε περίπτωση ισοψηφίας ισχύει η ψήφος του Προέδρου. Χρέη γραμματέα του Συμβουλίου εκτελεί υπάλληλος της Ε.ΣΤ.Α. που ορίζεται από τον Πρόεδρο.
Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, ύστερα από εισήγηση του Διοικητικού Συμβουλίου, καθορίζεται αποζημίωση για τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, τα μέλη και τον γραμματέα του Διοικητικού Συμβουλίου.