1. Η Αρχή καταρτίζει δικό της προϋπολογισμό που συντάσσεται με ευθύνη του Προέδρου της. Κατά την εκτέλεση του προϋπολογισμού της διαθέτει πλήρη αυτοτέλεια και δεν απαιτείται σύμπραξη άλλου οργάνου. Διατάκτης είναι ο Πρόεδρος της Αρχής.
2. Ο προϋπολογισμός καταρτίζεται σε ετήσια βάση και υποβάλλεται απευθείας στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους, σύμφωνα με τη διαδικασία που προβλέπεται στο Δημόσιο Λογιστικό.
3. Η εκτέλεση του προϋπολογισμού της Αρχής ανήκει αποκλειστικά σ’ αυτήν, στο πλαίσιο της πλήρους αυτοτέλειάς της. Επιτρέπεται η μεταφορά πιστώσεων από έναν λογαριασμό σε άλλον και μεταξύ διαφορετικών μειζόνων κατηγοριών, σύμφωνα με τις ανάγκες της Αρχής, εφόσον δεν τροποποιείται το συνολικό ύψος του προϋπολογισμού που έχει αρχικώς εγκριθεί από τη Βουλή. Η μεταφορά πιστώσεων γίνεται με απόφαση της Αρχής και κοινοποιείται στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
4. Ο προϋπολογισμός της Αρχής μπορεί να τροποποιείται με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, κατόπιν εισήγησης της Αρχής, που υποβάλλεται στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
5. Η Αρχή μπορεί να μετέχει σε εθνικά, ευρωπαϊκά ή συγχρηματοδοτούμενα ερευνητικά ή άλλα προγράμματα. Για τον σκοπό αυτό η Αρχή, με απόφαση του Προέδρου της, μπορεί να ανοίγει σε χρηματοπιστωτικό ίδρυμα της ημεδαπής ειδικό λογαριασμό, στον οποίο θα μεταφέρονται οι πιστώσεις από τα προγράμματα αυτά και από άλλους πόρους από την άσκηση των αρμοδιοτήτων της που προβλέπονται από τον ΓΚΠΔ ή το νόμο. Η διαχείριση και ο έλεγχος του ανωτέρω ειδικού λογαριασμού ρυθμίζονται από τον ειδικό κανονισμό του άρθρου 2 παράγραφος 3 του ν. 3051/2002. Η Αρχή έχει πλήρη αυτοτέλεια στη διαχείριση του λογαριασμού αυτού.
6. Για τις πιστοποιήσεις που χορηγεί με βάση τα άρθρα 42 και 43 του ΓΚΠΔ, η Αρχή με απόφασή της μπορεί να προβλέπει την καταβολή τελών και να καθορίζει το ύψος τους, τους σχετικούς όρους και τη διαδικασία. Οι πόροι από τα τέλη αυτά κατατίθενται στον ειδικό λογαριασμό που προβλέπεται στην προηγούμενη παράγραφο.
7. Για τη συμμετοχή των μελών και του προσωπικού της Αρχής σε συλλογικά όργανα που συγκροτούνται στο πλαίσιο πραγματοποίησης έργων χρηματοδοτούμενων από Ευρωπαϊκά Διαρθρωτικά και Επενδυτικά Ταμεία ή από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, η Αρχή με απόφασή της μπορεί να ορίζει το ύψος των πρόσθετων αμοιβών, αναλογικά εφαρμοζομένων κατά τα λοιπά των διατάξεων των παραγράφων 2, 3 και 5 του άρθρου 21 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176), υπό την προϋπόθεση ότι οι σχετικές δαπάνες βαρύνουν τις ως άνω πηγές χρηματοδότησης και δεν προκαλούν επιβάρυνση στον κρατικό προϋπολογισμό.
8. Η άσκηση του οικονομικού ελέγχου της Αρχής διεξάγεται με τρόπο που να μην παρεμποδίζει τη λειτουργία της και να μην επηρεάζει την ανεξαρτησία της.