1. Αρμόδια όργανα για να διενεργούν έλεγχο της λειτουργίας του καταστήματος είναι όλα τα κατά νόμο αρμόδια όργανα για τη διενέργεια ελέγχων σε δημόσιες υπηρεσίες, σε μονάδες υγείας και μονάδες ψυχικής υγείας του Υπουργείου Υγείας, και σε καταστήματα κράτησης. Όλο το προσωπικό έχει υποχρέωση συνεργασίας με τα ελεγκτικά όργανα.
2. Η εποπτεία της λειτουργίας του Ψ.Κ.Κ. ασκείται από τα Υπουργεία Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, Υγείας και Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, κατά λόγο αρμοδιότητας.
3. Κάθε τρία (3) έτη πραγματοποιείται αξιολόγηση του παρεχόμενου έργου και σύνταξη σχετικής έκθεσης η οποία υποβάλλεται στα εποπτεύοντα Υπουργεία. Η αξιολόγηση διενεργείται από Επιτροπή, τα μέλη της οποίας ορίζονται με απόφαση των Υπουργών Δικαιοσύνης και Υγείας και στην οποία συμμετέχουν ένας εκπρόσωπος του Σώματος Επιθεωρητών Υπηρεσιών Υγείας και Πρόνοιας (ΣΕΥΥΠ) ως πρόεδρος, ένας εκπρόσωπος του Σώματος Επιθεώρησης και Ελέγχου Καταστημάτων Κράτησης (ΣΕΕΚΚ), ένας εκπρόσωπος του Συνηγόρου του Πολίτη, ένας εκπρόσωπος της Ειδικής Επιτροπής Ελέγχου Προστασίας των Δικαιωμάτων των Ατόμων με Ψυχικές Διαταραχές, ένας εκπρόσωπος της Ελληνικής Ψυχιατρικής Εταιρείας και ένας επιστήμονας εξειδικευμένος στη σωφρονιστική ή μέλος του Κεντρικού Επιστημονικού Συμβουλίου Φυλακών (Κ.Ε.Σ.Φ.), με τους νόμιμους αναπληρωτές τους.
4. Συστηματική εξωτερική αξιολόγηση της λειτουργίας του Ψ.Κ.Κ. μπορεί να ανατεθεί σε εξειδικευμένο εξωτερικό φορέα – αξιολογητή κατά τις διατάξεις του άρθρου 2 παρ. 3 του Σωφρονιστικού Κώδικα.