1. Ο Εθνικός Μηχανισμός εδρεύει στο Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και επικουρείται κατά τη λειτουργία του από το Τμήμα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων της κεντρικής υπηρεσίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
2. Ο Γενικός Γραμματέας Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων μεριμνά για την σύγκληση και λειτουργία του Εθνικού Μηχανισμού, καθώς και για την εκπλήρωση των αρμοδιοτήτων του.
3. Ο Εθνικός Μηχανισμός συνεδριάζει τακτικά κάθε δύο μήνες, έκτακτα δε ύστερα από πρόσκληση του Προέδρου.
4. Ο Εθνικός Μηχανισμός λειτουργεί εντός του κανονικού ωραρίου εργασίας των οικείων Υπηρεσιών ή σε χρόνο που καλύπτεται από υπερωριακή απασχόληση. Στα μέλη του δεν καταβάλλεται καμία πρόσθετη αμοιβή ή αποζημίωση.
5. Κατά τα λοιπά, ισχύουν οι διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας.