1. Η Αρχή καταρτίζει και υποβάλλει χωριστό ετήσιο προϋπολογισμό ο οποίος αποτελεί τμήμα του κρατικού προϋπολογισμού. Διατάκτης της δαπάνης είναι ο Πρόεδρος ή ο αναπληρωτής του.
2. Η Αρχή μπορεί να συμμετέχει σε εθνικά, ευρωπαϊκά ή συγχρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα. Για τον σκοπό αυτό έχει το δικαίωμα με απόφαση του Προέδρου της να ανοίγει και να διατηρεί σε εμπορική τράπεζα της ημεδαπής ειδικό λογαριασμό στον οποίο θα μεταφέρονται όλες οι εγκεκριμένες πιστώσεις των σχετικών έργων. Η κίνηση του ανωτέρω λογαριασμού, ο έλεγχος και οι εντολές πληρωμής σε βάρος της Αρχής και υπέρ των δικαιούχων ενεργούνται χωρίς κανένα περιορισμό από τις διατάξεις που διέπουν τη διάθεση, κατανομή και ανάλωση των πιστώσεων του προϋπολογισμού της Αρχής ή αναφορά σε αυτές και κατά παρέκκλιση από τις διατάξεις για το Δημόσιο Λογιστικό, τις κρατικές προμήθειες και τις αμοιβές.
3. Η άσκηση του οικονομικού ελέγχου της Αρχής διεξάγεται με τρόπο που να μην παρεμποδίζει τη λειτουργία και να μην επηρεάζει την ανεξαρτησία της Αρχής.