Με κοινή απόφαση των Υπουργών Υγείας και του κατά περίπτωση καθ΄ ύλην αρμόδιου Υπουργού ρυθμίζονται θέματα που αφορούν τη λειτουργία του Ε.Ο.Π.Υ.Υ.. Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας ρυθμίζονται θέματα των υπηρεσιών που παραμένουν στον Οίκο Ναύτου.
Με απόφαση του Υπουργού Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Πρόνοιας ρυθμίζονται θέματα των υπηρεσιών που παραμένουν στο Τ.Α.Υ.Τ.Ε.Κ.Ω., Ε.Τ.Α.Α. και Ε.ΤΑ.Π. Μ.Μ.Ε..
Μέχρι την έκδοση των οργανισμών του Οίκου Ναύτου, Τ.Α.Υ.Τ.Ε.Κ.Ω, Ε.Τ.Α.Α. και Ε.ΤΑ.Π.-Μ.Μ.Ε. και για τη λειτουργία των οργανικών τους μονάδων. εκδίδεται μετά από γνώμη των Διοικητικών Συμβουλίων τους κοινή απόφαση του Υπουργού Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και του καθ’ ύλην αρμόδιου Υπουργού, με την οποία καθορίζεται η οργανωτική τους διάρθρωση, οι αρμοδιότητες των οργανικών μονάδων, οι κλάδοι από τους οποίους προέρχονται οι προϊστάμενοι αυτών, καθώς και κάθε άλλο θέμα που αφορά την λειτουργία και τη στελέχωσή τους με προσωπικό.
Η παράγραφος 3 του άρθρου 47 του νόμου 4075/2012 (Α΄89) καταργείται.