Το Εκτελεστικό Συμβούλιο συγκροτείται σε σώμα, με απόφαση του Υπουργού Υποδομών και Μεταφορών, και αυτού προεδρεύει ο Διοικητής. Μετά από τη συγκρότηση του, το Εκτελεστικό Συμβούλιο εκλέγει Αντιπρόεδρο. Καθήκοντα Γραμματέως του Συμβουλίου ασκεί ο Προϊστάμενος της Διεύθυνσης Διοικητικής Υποστήριξης και Νομικών Υποθέσεων της Α.Π.Α..