1. Η εκτέλεση έργων εντός θαλάσσιας και χερσαίας ζώνης Οργανισμού Λιμένος Ανώνυμης Εταιρείας, ρυθμίζεται αποκλειστικά από τις ακόλουθες διατάξεις, κατά παρέκκλιση κάθε άλλης ρύθμισης.
2. Τα έργα της λιμενικής υποδομής και ανωδομής διακρίνονται σε: α) κύρια λιμενικά έργα, νοουμένων ως λιμενικών έργων αυτών που εκτελούνται εντός της θαλάσσιας ζώνης και στην χερσαία ζώνη και έχουν ως αποκλειστικό σκοπό την εξυπηρέτηση των λιμενικών υπηρεσιών που παρέχει ο συγκεκριμένος λιμένας, ιδίως λιμενοβραχίονες, προσχώσεις, εγκατάσταση μηχανημάτων και κάθε ανωδομή που εξυπηρετεί άμεσα τις λιμενικές λειτουργίες β) σε βοηθητικά λιμενικά έργα, που έχουν ως σκοπό την εξυπηρέτηση των χρηστών του λιμένα, και συνδέονται έμμεσα με τις λιμενικές λειτουργίες, ιδίως σταθμοί στάθμευσης αυτοκινήτων, χώροι αναψυχής και εστίασης, ξενοδοχεία, επιβατικοί σταθμοί, εγκαταστάσεις μεταφοράς επιβατών, γραφεία, καταστήματα και άλλα.
3. Για την εκτέλεση οποιουδήποτε έργου εκ των ανωτέρω απαιτείται προηγούμενη ένταξή του στο αναπτυξιακό πρόγραμμα μελέτης και διαχείρισης του λιμένα (Master Plan), με απόφαση της Επιτροπής Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων (Ε.Σ.Α.Λ.) κατόπιν αιτήσεως του Οργανισμού Λιμένος. Προκειμένου να ενταχθεί ή τροποποιηθεί το έργο στο αναπτυξιακό πρόγραμμα μελέτης και διαχείρισης του λιμένα, απαιτείται η υποβολή μελέτης Προκαταρκτικής Περιβαλλοντικής Εκτίμησης και Αξιολόγησης (Π.Π.Ε.Α) και μελέτη έγκρισης Περιβαλλοντικών Όρων (ΕΠΟ) στη Γενική Γραμματεία Ναυτιλιακών Επενδύσεων και Υποδομών (Γ.Γ.Ν.Ε.Υ.), η οποία διαβιβάζει αμελλητί πλήρη αντίγραφα των φακέλων στην αρμόδια διεύθυνση του Υπουργείου Περιβάλλοντος Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, προκειμένου εντός προθεσμίας εξήντα ημερών να διατυπώσει την αξιολόγησή της για τις υποβληθείσες μελέτες. Μετά την πάροδο της προθεσμίας αυτής απράκτου, η αξιολόγηση λογίζεται ως θετική. Η Γ.Γ.Ν.Ε.Υ. συγχρόνως δημοσιεύει σε δύο εφημερίδες μιας εθνικής κυκλοφορίας και μια τοπική και στον ιστότοπο του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας και Αιγαίου το έργο, ώστε να διενεργηθεί δημόσια διαβούλευση επί των περιβαλλοντικών επιπτώσεών του στην ευρύτερη περιοχή.
4. Για την εκτέλεση των έργων που έχουν ενταχθεί στο αναπτυξιακό πρόγραμμα μελέτης και διαχείρισης λιμένος (MASTER PLAN) σύμφωνα με την προηγούμενη παράγραφο απαιτείται:
(α) απόφαση του ΔΣ του φορέα διαχείρισης
(β) έγκριση των τεχνικών μελετών από την Ε.Σ.Α.Λ.
(γ) εξαίρεση από την έγκριση περιβαλλοντικών όρων με απόφαση της αρμόδιας υπηρεσίας του Υπουργείου Περιβάλλοντος, λόγω της ένταξης στο MASTER PLAN κατά την προηγούμενη παράγραφο και
(δ) απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου η οποία επέχει άδεια κατασκευής του έργου.
(ε) για την έναρξη εργασιών απαιτείται κοινοποίησή της αδείας του προηγούμενου εδαφίου στην κατά τόπον αρμόδια λιμενική αρχή.
Η Υπουργική απόφαση εκδίδεται εντός έξι μηνών από την υποβολή της αίτησης του Φορέα Διαχείρισης στην Ε.Σ.Α.Λ. συνοδευόμενη από τις σχετικές μελέτες
5. Η συντήρηση, επισκευή και βελτίωση των εγκαταστάσεων των εκτελεσθέντων έργων λιμενικής υποδομής και ανωδομής, επιτρέπεται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του Φορέα Διαχείρισης, που κοινοποιείται προς γνώση, στην Επιτροπή Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων και την αρμόδια Λιμενική Αρχή, συνοδευόμενη από το σύνολο των μελετών και σχεδίων.
6. Εφόσον πρόκειται για έργα εκτελούμενα με παραχώρηση, ο παραχωρησιούχος νομιμοποιείται να υποβάλλει την αίτηση έκδοσης της άδειας στην Επιτροπή Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων ως και για κάθε περαιτέρω διαδικασία εκτέλεσης του έργου, υποκαθιστώντας τον Φορέα Διαχείρισης, έναντι της Επιτροπής Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων (Ε.Σ.Α.Λ.) και των Λιμενικών Αρχών.