Το Κέντρο Παρακολούθησης Αλιείας, που προβλέπεται στην παρ. 7 του άρθρου 9 του Κανονισμού (ΕΚ) υπ’ αρ. 1224/2009 και στην υπ’ αρ.3147/1999 απόφαση του Υπουργού Εμπορικής Ναυτιλίας (Β’2221), εδρεύει στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής. Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, ρυθμίζονται θέματα σχετικά με την οργάνωση και λειτουργία του Κέντρου, καθώς και με τις τεχνικές προδιαγραφές των συσκευών δορυφορικού εντοπισμού που τοποθετούνται στα υπόχρεα αλιευτικά σκάφη, την πιστοποίηση και έγκριση τύπου κάθε συσκευής δορυφορικού εντοπισμού που προορίζεται να εγκατασταθεί ή έχει ήδη εγκατασταθεί σε αλιευτικά σκάφη υπό ελληνική σημαία, καθώς και την επιθεώρηση και τον περιοδικό έλεγχο των συσκευών δορυφορικού εντοπισμού που είναι εγκατεστημένες στα υπό ελληνική σημαία αλιευτικά σκάφη.
Με κοινή απόφαση των Υπουργών Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ρυθμίζεται η διαδικασία ελέγχου της τήρησης της εθνικής και ενωσιακής νομοθεσίας, και ειδικά της υπ’ αρ. 162252/08.01.2007 απόφασης του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (Β΄ 86), όπως τροποποιήθηκε με την υπ’ αρ. 176764/28.08.2009 απόφαση του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (Β΄ 2064) και τα άρθρα 18 έως 28 του Εκτελεστικού Κανονισμού (ΕΕ) υπ’ αρ. 404/2011 της Επιτροπής της 8ης Απριλίου 2011, για τα αλιευτικά σκάφη που φέρουν συσκευή δορυφορικού εντοπισμού και λαμβάνονται κατάλληλα μέτρα για τη διασφάλιση της συμμόρφωσής τους με τις απαιτήσεις αυτές.