1. Για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της η Ρ.Α.Λ. εισπράττει τέλος, το οποίο επιβάλλεται και εισπράττεται ετησίως με απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Εσωτερικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής επί των φορέων διοίκησης και εκμετάλλευσης λιμένων. Το ύψος του τέλους δεν μπορεί να είναι ανώτερο από 0,3% των ετήσιων μικτών εσόδων των Οργανισμών Λιμένων Α.Ε. καθώς και των καθολικών ή ειδικών διαδόχων τους και από το 0,2% των λοιπών φορέων διοίκησης και εκμετάλλευσης λιμένων, όπως ορίζονται στην Κ.ΥΑ. 8111/41/09/ΦΕΚ 412 Β΄/06.3.2009, συμπεριλαμβανομένων των Δημοτικών και Κρατικών Λιμενικών Ταμείων καθώς και των ιδιωτικών φορέων εκμετάλλευσης λιμένων. Με απόφαση των ανωτέρω Υπουργών ρυθμίζονται θέματα σχετικά με τη διαδικασία είσπραξης και απόδοσης του τέλους αυτού.
Υπό την επιφύλαξη διαφορετικής ρύθμισης με απόφαση των ανωτέρω Υπουργών, για τα θέματα σχετικά με τη διαδικασία είσπραξης και απόδοσης του τέλους αυτού εφαρμόζονται τα προβλεπόμενα από την με αρ. 340/2014 (ΦΕΚ Β’ 924/2014) κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Εσωτερικών και Ναυτιλίας και Αιγαίου («Καθορισμός τέλους για τη χρηματοδότηση της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων (Ρ.Α.Λ.)») και ισχύοντα για τη Ρ.Α.Λ. του άρθρου 43 του Ν. 4150/2013.
2. Στον τακτικό προϋπολογισμό του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής είναι δυνατόν να εγγράφεται δαπάνη υπέρ της Ρ.Α.Λ. και σε ποσοστό που δεν μπορεί να υπερβαίνει το δέκα τοις εκατό (10%) του ετήσιου προϋπολογισμού της για τις ασκούμενες υπέρ του Υπουργείου αυτού αρμοδιότητές της.
3. Πόροι της Ρ.Α.Λ. αποτελούν και οι πάσης φύσεως επιδοτήσεις, επιχορηγήσεις, χρηματοδοτήσεις ερευνητικών προγραμμάτων και κάθε άλλο έσοδο που προέρχεται από την Ευρωπαϊκή Ένωση ή από διεθνείς οργανισμούς.
4. Οι πόροι της Ρ.Α.Λ. εισπράττονται για λογαριασμό της και κατατίθενται σε τραπεζικό λογαριασμό, τη διαχείριση του οποίου έχει η Ρ.Α.Λ..