- Ο Οργανισμός είναι αρμόδιος για το σχεδιασμό και την ανάπτυξη της Εθνικής Πολιτικής Διασφάλισης Ποιότητας στον αγροτικό τομέα, η οποία διαμορφώνεται με βάση τις εθνικές ανάγκες για την ανάπτυξη της αγροτοδιατροφικής πολιτικής και της αγροτικής οικονομίας και για την παροχή πλήρους συμβουλευτικής υποστήριξης στον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων σε θέματα διασφάλισης της ποιότητας στον αγροτικό τομέα.
- Η Εθνική Πολιτική Διασφάλισης της Ποιότητας στον αγροτικό τομέα υλοποιείται μέσω της εφαρμογής και της επίβλεψης ενός ολοκληρωμένου Εθνικού Πλαισίου Διασφάλισης της Ποιότητας, το οποίο περιλαμβάνει:
- α) Τον σχεδιασμό, την εκπόνηση και την θεσμική κατοχύρωση των Εθνικών Συστημάτων Πιστοποίησης των αγροτικών προϊόντων και τροφίμων.
- β) Την παροχή υπηρεσιών προτυποποίησης, ελέγχου και πιστοποίησης προς τους Έλληνες παραγωγούς αγροτικών προϊόντων και τροφίμων κατά τον προσφορότερο γι’ αυτούς τρόπο και με γνώμονα τις ανάγκες στήριξης των αγροτικών προϊόντων στις αγορές της χώρας αλλά και του εξωτερικού.
- γ) Την υλοποίηση όλων των δράσεων προβολής και προώθησης προϊόντων πιστοποιημένης ποιότητας ή/και ταυτότητας ή/και προέλευσης και των Εθνικών Σημάνσεων και Σημάτων Πιστοποίησης ή/και αναγνώρισής τους καθώς και των δράσεων ενημέρωσης των παραγωγών και των καταναλωτών επί θεμάτων διασφάλισης της ποιότητας των αγροτικών προϊόντων και τροφίμων και των εν γένει θεμάτων αγροτοδιατροφικής πολιτικής.
- Για την ενιαία λειτουργία του Εθνικού Συστήματος Διασφάλισης της Ποιότητας ανατίθεται στον Οργανισμό η ευθύνη της ανάπτυξης και λειτουργίας ενός Κέντρου Ηλεκτρονικής Διασύνδεσης όλων των αγροτικών επιχειρήσεων ή εκμεταλλεύσεων, που δραστηριοποιούνται στην παραγωγή αγροτικών προϊόντων και τροφίμων πιστοποιημένης ποιότητας καθώς και όλων των εμπλεκομένων φορέων στον έλεγχο ή/και στην πιστοποίηση ή/και στη διάθεση των προϊόντων στις αγορές. Σκοποί του Κέντρου Ηλεκτρονικής Διασύνδεσης είναι η απλούστευση των διαδικασιών ελέγχου και πιστοποίησης, η επίβλεψη ιδιωτικών φορέων ελέγχου και πιστοποίησης καθώς και η αμεσότητα ως προς την υποστήριξη των παραγωγών και των συναρμόδιων φορέων αλλά και ως προς την πληροφόρηση των καταναλωτών.