Τα όργανα διοίκησης του Ε.Κ.Ο.Μ.Ε. είναι:α) Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.)β) Ο Πρόεδρος του Δ.Σ. και Διευθύνων Σύμβουλος.