Το ΕΛΚΕΘΕ αποτελεί τον μοναδικό ερευνητικό φορέα της χώρας, τα αντικείμενα του οποίου καλύπτουν το σύνολο της θαλάσσιας έρευνας. Η οργάνωσή του έχει σχεδιασθεί με τέτοιο τρόπο ώστε τα ερευνητικά αντικείμενα των ινστιτούτων που το αποτελούν, όχι μόνο να είναι διαφορετικά, αλλά και συνεργαζόμενα μεταξύ τους να καλύπτουν τις συνεχώς αναβαθμισμένες προτεραιότητες της θαλάσσιας έρευνας, έτσι όπως αυτές καθορίζονται από τις σύγχρονες ελληνικές και διεθνείς ερευνητικές, κοινωνικές και πολιτικές προτεραιότητες.
Σήμερα, το ΕΛΚΕΘΕ περιλαμβάνει πέντε (5) Ινστιτούτα, ως ακολούθως:
[1]
Στο πλαίσιο της αντιμετώπισης του φαινομένου του κατακερματισμού και πολυδιάσπασης των ερευνητικών πεδίων, της επίτευξης κρίσιμης μάζας σε βασικούς ερευνητικούς τομείς και του αποτελεσματικότερου συντονισμού των ερευνητικών δραστηριοτήτων, προτείνονται οι εξής παρεμβάσεις αναδιάρθρωσης:
- η συγχώνευση τoυ Ινστιτούτου Θαλάσσιας Βιολογίας και Γενετικής (Ηράκλειο) και του Ινστιτούτου Υδατοκαλλιεργειών λόγω συναφών και συμπληρωματικών ερευνητικών πεδίων και επίτευξης κρίσιμης μάζας στο συγκεκριμένο ερευνητικό τομέα καθώς και η μετονομασία του συγχωνευμένου ινστιτούτου σε Ινστιτούτο Θαλάσσιας Βιολογίας, Βιοτεχνολογίας και Υδατοκαλλιεργειών Κρήτης
- η συγχώνευση τoυ Ινστιτούτου Θαλάσσιων Βιολογικών Πόρων και του Ινστιτούτου Εσωτερικών Υδάτων λόγω συναφών και συμπληρωματικών ερευνητικών πεδίων και επίτευξης κρίσιμης μάζας στο συγκεκριμένο ερευνητικό τομέα καθώς και η μετονομασία του συγχωνευμένου ινστιτούτου σε Ινστιτούτο Υδάτων & Αλιείας
- η διατήρηση του Ινστιτούτου Ωκεανογραφίας λόγω εξειδικευμένου αντικειμένου και ύπαρξης κρίσιμης μάζας στο συγκεκριμένο ερευνητικό πεδίο
Με βάση τα ανωτέρω, η πρόταση αναδιάρθρωσης του ΕΛΚΕΘΕ περιλαμβάνει τρία (3) ινστιτούτα ως εξής:
[2]