1. Η οικονομική διαχείριση του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. γίνεται με προϋπολογισμό εσόδων και εξόδων, ο οποίος συνοδευόμενος από αιτιολογική έκθεση και ετήσιο πρόγραμμα δράσης, που συντάσσει το Διοικητικό Συμβούλιο υποβάλλεται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού για έγκριση μέσα στις νόμιμες προθεσμίες για τους εποπτευόμενους από το Δημόσιο φορείς.
2. Η διαχειριστική χρήση του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. συμπίπτει με το ημερολογιακό έτος. Κατ` εξαίρεση, η πρώτη διαχειριστική χρήση του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π., αρχίζει από την ημερομηνία συγχώνευσης και λήγει στις 31 Δεκεμβρίου του επόμενου ημερολογιακού έτους.
3. Ο τακτικός διαχειριστικός έλεγχος του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. γίνεται από ορκωτούς ελεγκτές, που ορίζονται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου στην αρχή κάθε έτους. Με την ίδια απόφαση ορίζεται και η αμοιβή των ελεγκτών.
4. Έως το τέλος Ιουνίου του επόμενου της οικονομικής χρήσης ημερολογιακού έτους το Διοικητικό Συμβούλιο υποβάλει στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού για έγκριση τον ισολογισμό και τα αποτελέσματα χρήσεως μαζί με την Έκθεση των ορκωτών ελεγκτών και Έκθεση του Διοικητικού Συμβουλίου για την τήρηση των νόμιμων διατάξεων και των διατάξεων του Οργανισμού. Ο Υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού μπορεί να διατάξει οποιοδήποτε έκτακτο έλεγχο οικονομικής διαχείρισης του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π.. Οι δαπάνες του ελέγχου βαρύνουν τον Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π.
5. Ο Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. εντάσσεται στο ίδιο καθεστώς βιβλίων και στοιχείων του Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων που τηρούσε ο απορροφών οργανισμός.
6. Καμία δαπάνη δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί αν δεν υπάρχει επαρκής πίστωση στον προϋπολογισμό του Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. Κάθε υποχρέωση, που αναλαμβάνεται χωρίς να υπάρχει επαρκής πίστωση είναι αυτοδικαίως και απολύτως άκυρη.