1. Για την εξυπηρέτηση των αναγκών της άσκησης των αρμοδιοτήτων ελέγχου, πιστοποίησης και εποπτείας ανατίθενται στον Οργανισμό οι παρακάτω αρμοδιότητες:
α) Η συγκρότηση και λειτουργία πρωτοβάθμιων και δευτεροβάθμιων επιτροπών παρατυπιών και παραβάσεων,
β) Η επιβολή διοικητικών κυρώσεων, όταν διαπιστώνονται παρατυπίες ή παραβάσεις κατά την άσκηση των ελεγκτικών και πιστοποιητικών διαδικασιών ή κατά τη διενέργεια εποπτείας των φορέων.
2. Οι πρωτοβάθμιες επιτροπές παρατυπιών και παραβάσεων αποτελούνται από δύο υπαλλήλους του Οργανισμού, οι οποίοι δεν έχουν συμμετάσχει στη διαδικασία ελέγχου των κρινόμενων υποθέσεων, και έναν υπάλληλο του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού και οι δευτεροβάθμιες επιτροπές αποτελούνται από δυο υπαλλήλους του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού και έναν υπάλληλο του Οργανισμού, οι οποίοι δεν συμμετέχουν στη σύνθεση πρωτοβάθμιας επιτροπής. Η θητεία των επιτροπών είναι ετήσια. Τα μέλη των επιτροπών ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού μετά από εισήγηση του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού.
3. Οι διοικητικές κυρώσεις και η διαδικασία επιβολής τους καθορίζονται ανά αντικείμενο ελέγχου, πιστοποίησης και εποπτείας με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού.