Με τον σχεδιασμό της Εθνικής Στρατηγικής Έρευνας, Τεχνολογίας και Καινοτομίας επιδιώκεται:
1. Η συστηματική θεώρηση και προσέγγιση των κρίσιμων θεματικών τομέων της Έρευνας (Μαθηματικά, Χημεία, Φυσική, Νανοεπιστήμες, Τεχνολογίες Πληροφορικής και Επικοινωνιών, Αγροβιοδιατροφής, Οικολογία, Αγρονομία, Βιολογία και Υγεία, Ενέργεια, Αειφόρος ανάπτυξη, Επιστήμες Μηχανικού, Επιστήμες Περιβάλλοντος, Διαστημικές Επιστήμες, Επιστήμες του Ανθρώπου και της Κοινωνίας).
2. Η ενίσχυση των επενδύσεων στην ΕΤΑΚ και ο ελεύθερος ανταγωνισμός.
3. Η επίτευξη βέλτιστης διακρατικής συνεργασίας με σκοπό την εναρμόνιση με τις αντίστοιχες προσπάθειες σε πανευρωπαϊκό και ευρύτερο διεθνές επίπεδο.
4. Η ενίσχυση της υφιστάμενης ή αναδυόμενης αριστείας στους Ερευνητικούς Φορείς, τις Περιφέρειες και τις εξόχως απόκεντρες περιοχές της χώρας.
5. Η συμβολή στην προώθηση της ισότητας των φύλων με την ισότιμη ενσωμάτωση του γυναικείου φύλου στην Έρευνα, με τη διεύρυνση των οριζόντων της Αριστείας Έρευνας σε τομείς και με όρους που αφορούν στην ανάδειξη της ισότητας των φύλων.
6. Η δημιουργία συνθηκών επαρκούς ροής ικανών Ερευνητών, για την επίτευξη υψηλού επιπέδου γεωγραφικής και διατομεακής κινητικότητας μεταξύ οργανισμών, επιστημονικών κλάδων, τομέων και χωρών με τη διασφάλιση άρσης των υπαρχόντων φραγμών, την εκπαίδευση και την προσφορά ελκυστικών προοπτικών σταδιοδρομίας.
7. Η συγκράτηση και προσέλκυση άριστου επιστημονικού δυναμικού.
8. Η αξιοποίηση των ηλεκτρονικών μέσων για τη βελτίωση του τρόπου διακίνησης και διάδοσης επιστημονικών πληροφοριών, τη διευκόλυνση πρόσβασης σε επιστημονικές πληροφορίες και δεδομένα και την παροχή υπηρεσιών ηλεκτρονικής διακυβέρνησης.
9. Η ενίσχυση της καινοτόμου επιχειρηματικότητας.
10. Η συμβολή στην κοινωνική, ενεργειακή και περιβαλλοντική πολιτική της χώρας.
11. Η συμβολή στην περιφερειακή ανάπτυξη και την απασχόληση, ιδίως των νέων.
12. Η βελτίωση της αποτελεσματικότητας της έρευνας, της καινοτομίας και της ανταγωνιστικότητας με την καθιέρωση σύγχρονων δεικτών μέτρησης.
13. Η αξιοποίηση κάθε πρόσφορου μέσου σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις για τη χρηματοδότηση της ΕΤΑΚ (δημόσιες συμβάσεις, προ-εμπορικές συμβάσεις, Ανταγωνιστικός Διάλογος, Συμφωνίες Πλαίσιο, Κοινότητες Γνώσης και Καινοτομίας).
14. Η προσέγγιση του Ευρωπαϊκού Στόχου, συμβολής του Δημόσιου και του Ιδιωτικού Τομέα στην ενίσχυση της Έρευνας, Τεχνολογικής Ανάπτυξης και Καινοτομίας με ετήσιο ποσοστό 3% επί του ΑΕΠ, όπως διαμορφώθηκε με την ανανεωμένη Συνθήκη της Λισσαβόνας του 2005.