1. Όργανα διοίκησης κάθε ΣΜΕΑΕ είναι ο διευθυντής, ο υποδιευθυντής και ο σύλλογος προσωπικού.
2. Στα μονοθέσια και διθέσια νηπιαγωγεία και στα μονοθέσια, διθέσια και τριθέσια δημοτικά, τη διοίκηση ασκεί προϊστάμενος που ορίζεται με διετή θητεία από τους έχοντες οργανική θέση σε αυτά εκπαιδευτικούς. Ο ορισμός τους γίνεται με την ίδια διαδικασία που ισχύει και στη γενική εκπαίδευση και εφόσον πληρούν τις προϋποθέσεις τοποθέτησης σε ΣΜΕΑΕ.
3. Οι εκπαιδευτικοί με οργανική θέση στα ΤΕ συμμετέχουν ισότιμα με τους άλλους εκπαιδευτικούς της σχολικής μονάδας στη διαδικασία επιλογής υποδιευθυντών της.
4. Διευθυντές των ΣΜΕΑΕ επιλέγονται εκπαιδευτικοί, οι οποίοι έχουν τα προσόντα τοποθέτησης σε θέσεις εκπαιδευτικού προσωπικού αυτών και τουλάχιστον 3ετή προϋπηρεσία σε ΣΜΕΑΕ ή ΚΕΔΔΥ. Για τις προϋποθέσεις, τα προσόντα, τα κριτήρια και τη διαδικασία επιλογής και τοποθέτησης εφαρμόζονται οι ισχύουσες διατάξεις περί επιλογής στελεχών εκπαίδευσης. Η επιλογή τους γίνεται από τα οικεία Περιφερειακά Υπηρεσιακά Συμβούλια Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης (ΠΥΣΠΕ) και τα οικεία Περιφερειακά Υπηρεσιακά Συμβούλια Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (ΠΥΣΔΕ).
Για την κάλυψη θέσης διευθυντή και υποδιευθυντή σε ΣΜΕΑΕ όλων των τύπων και βαθμίδων επιλέγονται από τα αρμόδια συμβούλια επιλογής στελεχών και ΠΕ μέλη ΕΕΠ όλων των κλάδων τα οποία υπηρετούν σε ΣΜΕΑΕ ή ΚΕΔΔΥ με δεκαετή τουλάχιστον αναγνωρισμένη εκπαιδευτική υπηρεσία και οι οποίοι έχουν ασκήσει ειδικά εκπαιδευτικά καθήκοντα επί οκτώ τουλάχιστον έτη σε ΣΜΕΑΕ αντίστοιχη της υπό κάλυψης θέσης ή ΚΕΔΔΥ.
5. Οι υποδ/ντές στις Σ.Μ.Ε.Α.Ε. ορίζονται και τοποθετούνται με θητεία σύμφωνα με τα οριζόμενα κάθε φορά στη σχετική νομοθεσία εφ’ όσον το σχολείο έχει 6 τμήματα και τουλάχιστον 24 μαθητές.
6. Όπου συστεγαζόμενες σχολικές μονάδες της Δευτεροβάθμιας Ειδικής Εκπαίδευσης λειτουργούν υπό ενιαία διεύθυνση, εφ’ όσον ο αριθμός των μαθητών ανά σχολική μονάδα ξεπεράσει τους 30, τότε υποχρεωτικά ορίζεται δεύτερος υποδιευθυντής για την εποπτεία της σχολικής μονάδας κατώτερης βαθμίδας.