1. Τα ΠΜΣ που απονέμουν ΔΜΣ διαρκούν ένα έως δυο πλήρη ημερολογιακά έτη, περιλαμβανομένου και του χρόνου που απαιτείται για την εκπόνηση και την υποβολή της προς κρίση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας. Το ΠΜΣ οφείλει να διαφοροποιείται ουσιωδώς από το πρόγραμμα του Πρώτου Κύκλου Σπουδών που θεραπεύεται στο Τμήμα και ο κορμός της ειδίκευσης να καλύπτεται διδακτικά κατά πλειονότητα από αυτό. Στα μονοτμηματικά ΠΜΣ ποσοστό τουλάχιστον 75% των διδασκόντων πρέπει να προέρχεται από το Τμήμα. Η έναρξη μπορεί να γίνει το χειμερινό ή εαρινό εξάμηνο. Είναι δυνατή η λειτουργία ΠΜΣ και κατά τη θερινή περίοδο σε συνεργασία με ΑΕΙ και Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα της χώρας ή του εξωτερικού ή διακεκριμένους επιστήμονες και ερευνητές.
2. Το Σχέδιο ίδρυσης ΠΜΣ συντάσσεται από τη Συνέλευση του αυτοδύναμου Τμήματος με ειδική πλειοψηφία 2/3 επί των μελών της και περιλαμβάνει τουλάχιστον τα εξής στοιχεία που εξετάζονται και εγκρίνονται από τη Σύγκλητο του οικείου Ιδρύματος
α. Το αντικείμενο, ο σκοπός και τα ακαδημαϊκά κριτήρια κατάρτισης του προγράμματος.
β. Οι κατηγορίες των πτυχιούχων που γίνονται δεκτές.
γ. Η χρονική διάρκεια φοίτησης για τη χορήγηση του τίτλου.
δ. Το πρόγραμμα μαθημάτων (θεωρητικών, εργαστηριακών και κλινικών), η γλώσσα διδασκαλίας και συγγραφής της διπλωματικής εργασίας, οι πρακτικές ασκήσεις και κάθε άλλου είδους δραστηριότητα, καθώς και οι πιστωτικές μονάδες σύμφωνα με το ισχύον ευρωπαϊκό σύστημα μεταφοράς και συσσώρευσης πιστωτικών μονάδων. Με πρόταση της Συνέλευσης του Τμήματος και έγκριση της Συγκλήτου μπορεί να γίνεται τροποποίηση ή διεύρυνση του προγράμματος των μαθημάτων και ανακατανομή μαθημάτων μεταξύ των εξαμήνων.
ε. Ο αριθμός των μεταπτυχιακών φοιτητών, οι δυνατότητες και οι ανάγκες του οικείου Τμήματος σε προσωπικό και υλικοτεχνική υποδομή για την απρόσκοπτη λειτουργία του προγράμματος.
στ. Η χρονική διάρκεια λειτουργίας του ΠΜΣ και αναλυτικά το κόστος της αναγκαίας υλικοτεχνικής υποδομής, της λειτουργίας, ενδεχόμενης αποζημίωσης διδασκόντων και οι πηγές χρηματοδότησης του.
ζ. Η έκθεση αξιολόγησης του οικείου Τμήματος, σύμφωνα με την εκάστοτε ισχύουσα νομοθεσία, από την οποία προκύπτει η ύπαρξη των απαραίτητων προϋποθέσεων για τη λειτουργία του προγράμματος.
η. Αναλυτικός προϋπολογισμός λειτουργίας και βιωσιμότητα του Προγράμματος.
θ. Έκθεση για τις υποδομές υποστήριξης του προγράμματος με ειδική μνεία στις υπηρεσίες βιβλιοθήκης, στις ηλεκτρονικές, εργαστηριακές και κλινικές υποδομές του Ιδρύματος στο οποίο εδρεύει το ΠΜΣ και των συνεργαζόμενων φορέων.
ι. Επιστημονική επάρκεια και εμπειρία των συμμετεχόντων στο σχετικό επιστημονικό πεδίο.
3. Η Σύγκλητος ή η Συνέλευση αποφασίζει σχετικά με την υποβληθείσα πρόταση ίδρυσης ΠΜΣ. Η απόφαση έγκρισης του ΠΜΣ δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Αναλυτικά αιτιολογημένη απόφαση ως προς την έγκριση ή απόρριψη αναρτάται στον διαδικτυακό τόπο του Ιδρύματος και κοινοποιείται στη ΑΔΙΠ.
4. Εντολή αυτοδύναμης διδασκαλίας και επίβλεψης μεταπτυχιακών διπλωματικών εργασιών παρέχεται από τη Συνέλευση του Τμήματος, με απόλυτη πλειοψηφία επί των μελών της, σε μέλη ∆ΕΠ του αυτού Τμήματος, άλλων Τμημάτων του Ιδρύματος ή άλλων ΑΕΙ της ημεδαπής ή της αλλοδαπής, αφυπηρετήσαντες καθηγητές, ερευνητές, διδάκτορες καθώς και όσες κατηγορίες διδασκόντων, ερευνητών ή επιστημόνων αναγνωρισμένου κύρους προβλέπονται από τις κείμενες διατάξεις, μετά από αίτηση των ενδιαφερομένων, συνοδευόμενη από αναλυτικό υπόμνημα σπουδών και έργων. Τα ονόματα των καθηγητών ΤΕΙ, των ερευνητών και των λοιπών κατηγοριών διδασκόντων στους οποίους έχει δοθεί εντολή αυτοδύναμης διδασκαλίας αναρτώνται στον διαδικτυακό τόπο του Τμήματος. Οι διδάσκοντες, πέραν των διδακτικών τους καθηκόντων όπως ορίζονται στο ΠΜΣ, έχουν την ευθύνη παρακολούθησης των σπουδαστών για τους οποίους ορίζονται ως Σύμβουλοι Σπουδών.
5. Η διάρκεια λειτουργίας ενός ΠΜΣ, σύμφωνα με την πράξη ίδρυσής του, δεν μπορεί να υπερβαίνει τα έξι (6) έτη. Το αργότερο το τελευταίο εξάμηνο του χρόνου λειτουργίας του, με απόφαση της Συγκλήτου μετά από τεκμηριωμένη πρόταση της Συνέλευσης του Τμήματος και έκθεση του Διευθυντή του ΠΜΣ με τη συνολική αποτίμηση του προγράμματος, δίδεται παράταση της λειτουργίας του για συγκεκριμένο χρονικό διάστημα, που καθορίζεται κάθε φορά με την ίδια απόφαση. Η παράταση της λειτουργίας του ΠΜΣ δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
6. Κατά τη λήξη της θητείας των Συντονιστικών Επιτροπών (ΣΕ), με ευθύνη του απερχόμενου Διευθυντή, συντάσσεται αναλυτικός απολογισμός δραστηριοτήτων, καταγραφής και αποτίμησης του ερευνητικού και εκπαιδευτικού έργου με στόχο την καλύτερη αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού, τη βελτιστοποίηση των υφιστάμενων υποδομών και την κοινωνικά επωφελή χρήση των διαθέσιμων πόρων, δημοσίων και μη, στα ΑΕΙ και στα συνεργαζόμενα Ερευνητικά Κέντρα. Ο απολογισμός υποβάλλεται δια της οικείας Κοσμητείας στην Α.ΔΙ.Π. και δημοσιοποιείται στον διαδικτυακό τόπο του ΠΜΣ.
7. ΠΜΣ μπορούν να οργανώνονται από περισσότερα Τμήματα του ίδιου ή άλλων ΑΕΙ ή αναγνωρισμένα Ερευνητικά Ιδρύματα και Ινστιτούτα της ημεδαπής. Στην περίπτωση διατμηματικού ή διιδρυματικού ΠΜΣ καταρτίζεται Ειδικό Πρωτόκολλο Συνεργασίας (ΕΠΣ) μεταξύ των συνεργαζόμενων Τμημάτων, το οποίο εγκρίνεται από τις οικείες Συγκλήτους των Πανεπιστημίων ή τα αντίστοιχα όργανα διοίκησης των συνεργαζόμενων Ιδρυμάτων, και στο οποίο καθορίζονται πλην των άλλων οι υποχρεώσεις κάθε Τμήματος, θέματα του διδακτικού προσωπικού και μεταπτυχιακών φοιτητών, ο αριθμός των μελών της Ειδικής Διατμηματικής Επιτροπής (ΕΔΕ) στην οποία εκπροσωπείται κάθε Τμήμα, η διαδικασία εκλογής Διευθυντή ο οποίος είναι μέλος της ΕΔΕ και γενικά κάθε θέμα που κρίνεται αναγκαίο σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία για την εύρυθμη λειτουργία του ΠΜΣ. Μέλη της ΕΔΕ ορίζονται κατά προτίμηση καθηγητές αντίστοιχου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου. Στην περίπτωση των διατμηματικών και διιδρυματικών ΠΜΣ, οι προϋποθέσεις θα πρέπει να καλύπτονται τουλάχιστον από το Τμήμα που υποστηρίζει διοικητικά το ΠΜΣ. Οι ίδιοι όροι και προϋποθέσεις ισχύουν και για τα εξ αποστάσεως ΠΜΣ, όπως ορίζει απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.
8. ΑΕΙ της ημεδαπής μπορούν να συνεργάζονται με αναγνωρισμένα ομοταγή ιδρύματα της αλλοδαπής για την οργάνωση και λειτουργία κοινών ΠΜΣ για χορήγηση ΔΜΣ. Για τα κοινά αυτά ΠΜΣ καταρτίζεται Ειδικό Πρωτόκολλο Συνεργασίας (ΕΠΣ) μεταξύ των συνεργαζόμενων ιδρυμάτων, στο οποίο καθορίζονται το αντικείμενο του προγράμματος, η διάρκεια της συνεργασίας, οι πηγές χρηματοδότησης, οι υποχρεώσεις και τα δικαιώματα των συμμετεχόντων στο πρόγραμμα, η μετακίνηση του διδακτικού προσωπικού ή των φοιτητών, η χορήγηση ενιαίου τίτλου ή χωριστού τίτλου από κάθε ίδρυμα, ο τύπος του χορηγούμενου τίτλου, η συγκρότηση συντονιστικού οργάνου με αρμοδιότητες αντίστοιχες αυτών της ειδικής διατμηματικής επιτροπής των διιδρυματικών προγραμμάτων της ημεδαπής, η γλώσσα ή οι γλώσσες διδασκαλίας ή συγγραφής και κάθε άλλο θέμα που κρίνεται αναγκαίο σύμφωνα με το ισχύον νομικό πλαίσιο της νομοθεσίας που διέπει τις μεταπτυχιακές σπουδές κάθε συνεργαζόμενης χώρας.