1. Αρμόδια όργανα για την οργάνωση και λειτουργία των ΠΜΣ είναι: Η Σύγκλητος ή η Συνέλευση του Ιδρύματος, η Συνέλευση του Τμήματος ή η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), η Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ και ο Διευθυντής του ΠΜΣ.
2. Η Σύγκλητος ή η Συνέλευση του Ιδρύματος είναι το αρμόδιο όργανο για θέματα διοικητικού, οργανωτικού, οικονομικού χαρακτήρα των ΠΜΣ.
3. Η Συνέλευση του οικείου Τμήματος είναι αρμόδια για την κατάρτιση και εισήγηση προτάσεων ίδρυσης ΠΜΣ, για τις εντολές διδασκαλίας, τον ορισμό των μελών της Συντονιστικής Επιτροπής (ΣΕ), των Συμβουλευτικών Επιτροπών, των Εξεταστικών Επιτροπών, την απονομή ΔΜΣ, τη συγκρότηση των επιτροπών επιλογής ή εξέτασης των υποψηφίων μεταπτυχιακών και διδακτορικών φοιτητών, καθώς και για κάθε άλλο θέμα που προβλέπεται από επί μέρους διατάξεις. Σε κάθε περίπτωση διατμηματικού ΠΜΣ, τις αρμοδιότητες της Συνέλευσης ασκεί η ΕΔΕ, η οποία συγκροτείται από μέλη των αντίστοιχων Συνελεύσεων των οικείων Τμημάτων, τα οποία εκλέγονται από κάθε Τμήμα.
4. Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΠΜΣ η οποία απαρτίζεται από καθηγητές του Τμήματος οι οποίοι έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο και ορίζεται από τη Συνέλευση. Η ΣΕ είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και το συντονισμό λειτουργίας του προγράμματος. Οι αρμοδιότητες της ΣΕ ρυθμίζονται από τον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών.
5. Ο Διευθυντής κάθε ΠΜΣ είναι μέλος της ΣΕ και ορίζεται με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος ή, στην περίπτωση διατμηματικού ΠΜΣ, της ΕΔΕ, για διετή θητεία. Ο Διευθυντής προεδρεύει της ΣΕ ή της ΕΔΕ στην περίπτωση διατμηματικού ΠΜΣ, ανήκει στη βαθμίδα του Καθηγητή ή Αναπληρωτή Καθηγητή, είναι του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ και ασκεί τα καθήκοντα που ορίζει ο Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών του ιδρύματος ή του ΠΜΣ και ο εσωτερικός κανονισμός του Ιδρύματος. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. εισηγείται στη Συνέλευση ή στην ΕΔΕ για κάθε θέμα που αφορά την αποτελεσματική λειτουργία του. Ο Διευθυντής δεν μπορεί να έχει περισσότερες των δύο συνεχόμενες θητείες.
6. Η Σύγκλητος και οι Συνελεύσεις των Τμημάτων των Πανεπιστημίων είναι τα αρμόδια όργανα για θέματα διοικητικού, οργανωτικού και οικονομικού χαρακτήρα του Τρίτου Κύκλου Σπουδών.