1. Τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα έχουν την ευθύνη για τον σχεδιασμό και την οργάνωση του δεύτερου κύκλου σπουδών, καταρτίζουν Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) και απονέμουν Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ). Στα αυτοδύναμα Τμήματα των Πανεπιστημίων που λειτουργούν ΠΜΣ εκπονούνται διδακτορικές διατριβές (τρίτος κύκλος σπουδών) και τα Ιδρύματα στα οποία ανήκουν απονέμουν τον τίτλο του διδάκτορα. Ειδικότερα ζητήματα ρυθμίζονται στον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών και στον Κανονισμό Διδακτορικών Σπουδών κάθε Ιδρύματος, οι οποίοι αποτελούν αναπόσπαστο μέρος του Εσωτερικού Κανονισμού στον οποίο ενσωματώνονται.
2. Τα ΠΜΣ εδρεύουν σε αυτοδύναμα Τμήματα, θεραπεύουν ίδιες ή συναφείς ειδικότητες με το επιστημονικό πεδίο του Τμήματος και αποσκοπούν στην προαγωγή της επιστημονικής γνώσης και των τεχνών, την ανάπτυξη της έρευνας και την υψηλού επιπέδου εξειδίκευση πτυχιούχων σε εφαρμογές, ειδικές θεματικές ενότητες ή επί μέρους κλάδους των επιστημών οι οποίοι θεραπεύονται στα προγράμματα πρώτου κύκλου σπουδών των ελληνικών ΑΕΙ.
3. Τα ΠΜΣ αντιστοιχούν κατ’ ελάχιστον στις εκάστοτε οριζόμενες από τις αντίστοιχες ευρωπαϊκές ρυθμίσεις πιστωτικές μονάδες (ECTS). Τα ΔΜΣ που απονέμουν τα ελληνικά ΑΕΙ υπόκεινται στους περιορισμούς και τους κανόνες που απορρέουν από το εκάστοτε ισχύον στην Ελλάδα ευρωπαϊκό σύστημα μεταφοράς και συσσώρευσης πιστωτικών μονάδων.