1. Ο έλεγχος των δαπανών του Ε.Λ.Κ.Ε. που ασκείται από την Μονάδα Διοικητικής & Οικονομικής Υποστήριξης του οικείου Α.Ε.Ι. συνίσταται στην εξέταση των νομίμων δικαιολογητικών και αποβλέπει στη διακρίβωση του κατά πόσον η δαπάνη:
α) προβλέπεται από διάταξη νόμου ή εξυπηρετεί λειτουργικές ανάγκες του Ε.Λ.Κ.Ε. ή συντελεί στην εκπλήρωση των σκοπών του και υπάρχει για αυτή διαθέσιμη πίστωση (έλεγχος νομιμότητας),
β) έχει νόμιμα αναληφθεί, η σχετική απαίτηση δεν έχει παραγραφεί και επισυνάπτονται τα νόμιμα δικαιολογητικά (έλεγχος κανονικότητας). Κατά τον ασκούμενο έλεγχο εξετάζονται και τα παρεμπιπτόντως αναφυόμενα ζητήματα, με την επιφύλαξη των διατάξεων για το δεδικασμένο και το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους (παρεμπίπτων έλεγχος).
2. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών η διαδικασία και ο τρόπος ελέγχου, εκκαθάρισης και ενταλματοποίησης των δαπανών των Ε.Λ.Κ.Ε. και η διαδικασία και ο τρόπος εξόφλησής τους, καθώς και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια.