1. Π.Μ.Σ. μπορούν να οργανώνονται από περισσότερα Τμήματα του ίδιου ή άλλων Α.Ε.Ι. ή από Τμήματα Α.Ε.Ι. και τα Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα που αναφέρονται στο άρθρο 13Α του ν. 4310/2014 (Α΄ 258), όπως αντικαταστάθηκε από το άρθρο 12 του ν. 4386/2016 (Α΄ 83), συμπεριλαμβανομένων του ερευνητικού κέντρου της Ακαδημίας Αθηνών και του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών. Απαραίτητη προϋπόθεση είναι ένα τουλάχιστον εκ των συνεργαζόμενων Τμημάτων να είναι αυτοδύναμο. Μεταξύ των Τμημάτων ή μεταξύ Τμημάτων και Ερευνητικών Κέντρων ή Ινστιτούτων του προηγούμενου εδαφίου καταρτίζεται Ειδικό Πρωτόκολλο Συνεργασίας (Ε.Π.Σ.), το οποίο εγκρίνεται από τις οικείες Συγκλήτους και τα συλλογικά όργανα διοίκησης των Ερευνητικών Κέντρων. Στο Ε.Π.Σ. καθορίζονται ιδίως οι υποχρεώσεις κάθε Τμήματος ή Ερευνητικού Κέντρου ή Ινστιτούτου, τα θέματα συγκρότησης της Ειδικής Διατμηματικής ή Διιδρυματικής Επιτροπής και της Σ.Ε. με τρόπο που να εξασφαλίζει την εκπροσώπηση όλων των συνεργαζόμενων φορέων, του ορισμού του Διευθυντή του Π.Μ.Σ., ο οποίος είναι καθηγητής αυτοδύναμου Τμήματος, της κατανομής του διδακτικού και ερευνητικού έργου μεταξύ του προσωπικού των συνεργαζόμενων φορέων και κάθε αναγκαία λεπτομέρεια για την εύρυθμη λειτουργία του Π.Μ.Σ. Τα διατμηματικά ή διιδρυματικά Π.Μ.Σ. ιδρύονται με απόφαση των οικείων Συγκλήτων ή της οικείας Συγκλήτου και του συλλογικού οργάνου διοίκησης του Ερευνητικού Κέντρου, στην οποία προσαρτάται το Ε.Π.Σ.. Για την εφαρμογή του προηγούμενου εδαφίου, η εισήγηση, που προβλέπεται στο άρθρο 32, καταρτίζεται από τις Συνελεύσεις όλων των συνεργαζόμενων Τμημάτων.
2. Αυτοδύναμα Τμήματα Α.Ε.Ι. της ημεδαπής μπορούν να συνεργάζονται με Τμήματα αναγνωρισμένων ως ομοταγών ιδρυμάτων ή Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα της αλλοδαπής, για την οργάνωση και λειτουργία κοινών Π.Μ.Σ.. Η απόφαση της ίδρυσης του κοινού Π.Μ.Σ. εκδίδεται από τη Σύγκλητο του ημεδαπού ιδρύματος, κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 32 και σύμφωνα με τους ειδικότερους όρους και προϋποθέσεις, που ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Κατά τα λοιπά εφαρμόζεται αναλογικά η προηγούμενη παράγραφος και στο οικείο Ε.Π.Σ. ρυθμίζονται επιπλέον τα θέματα που είναι αναγκαία για την υλοποίηση της συνεργασίας, όπως, ιδίως, η διάρκεια της συνεργασίας, οι πηγές χρηματοδότησης, οι υποχρεώσεις και τα δικαιώματα των συμμετεχόντων στο πρόγραμμα, η μετακίνηση του διδακτικού προσωπικού ή των φοιτητών, η χορήγηση ενιαίου τίτλου ή χωριστού τίτλου από κάθε Ίδρυμα, ο τύπος του χορηγούμενου τίτλου, η συγκρότηση οργάνου με αρμοδιότητες αντίστοιχες της Ειδικής Διατμηματικής ή Διιδρυματικής Επιτροπής των διατμηματικών ή διιδρυματικών προγραμμάτων της ημεδαπής, η γλώσσα ή οι γλώσσες διδασκαλίας και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια. Η απόφαση ίδρυσης εγκρίνεται από τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Η απόφαση έγκρισης δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης.
3. Τα Τμήματα Πανεπιστημίων μπορούν να συνεργάζονται με Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα του άρθρου 13Α του ν. 4310/2014, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει, συμπεριλαμβανομένων του ερευνητικού κέντρου της Ακαδημίας Αθηνών και του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών, καθώς και με αναγνωρισμένα ως ομοταγή ιδρύματα ή Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα της αλλοδαπής, για την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών με συνεπίβλεψη. Στην περίπτωση αυτή, τη διοικητική ευθύνη της εκπόνησης της διδακτορικής διατριβής αναλαμβάνει ένα εκ των συνεργαζόμενων ιδρυμάτων, ορίζεται ένας επιβλέπων από κάθε συνεργαζόμενο ίδρυμα/φορέα και η εκπόνηση της διατριβής διαρκεί τουλάχιστον τρία (3) έτη από τον ορισμό των επιβλεπόντων καθηγητών/ερευνητών. Τα σχετικά με την διαδικασία εκπόνησης της διατριβής, από την επιλογή του υποψήφιου διδάκτορα έως και την απονομή του διδακτορικού τίτλου, καθώς και η χορήγηση ενιαίου ή χωριστού τίτλου σε περίπτωση συνεργασίας μεταξύ ιδρυμάτων, προβλέπονται στο οικείο Ε.Π.Σ., που καταρτίζεται από τα συνεργαζόμενα Τμήματα/φορείς και εγκρίνεται από την οικεία Σύγκλητο, τα συλλογικά όργανα διοίκησης των Ερευνητικών Κέντρων και τα αντίστοιχα όργανα διοίκησης των αλλοδαπών ιδρυμάτων/ερευνητικών φορέων. Σε περίπτωση συνεργασίας με αλλοδαπά ιδρύματα/ερευνητικούς φορείς, και αν δεν έχει ήδη εκδοθεί και εγκριθεί σύμφωνα με τα οριζόμενα στην παρ. 2 απόφαση ίδρυσης κοινού Π.Μ.Σ., το Ε.Π.Σ. για την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών με συνεπίβλεψη εγκρίνεται από τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Η απόφαση έγκρισης δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης.