1. Η χρηματοδότηση των Π.Μ.Σ. προέρχεται από:
α) τον προϋπολογισμό του Α.Ε.Ι. και των τυχόν συνεργαζόμενων για την οργάνωσή του φορέων σύμφωνα με το άρθρο 43,
β) τον προϋπολογισμό του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων,
γ) δωρεές, παροχές, κληροδοτήματα και κάθε είδους χορηγίες φορέων του δημόσιου, όπως οριοθετείται στην παρ. 1 του άρθρου 1Β του ν. 2362/1995 (Α΄ 247), ή του ιδιωτικού τομέα,
δ) πόρους από ερευνητικά προγράμματα,
ε) πόρους από προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης ή άλλων διεθνών οργανισμών,
στ) μέρος των εσόδων των Ειδικών Λογαριασμών Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) των Α.Ε.Ι.,
ζ) το συγκεντρωθέν στον Ε.Λ.Κ.Ε. ποσό, μέσω των παρακρατήσεων ποσοστού εσόδων των Π.Μ.Σ. προηγουμένων ετών, και
η) κάθε άλλη νόμιμη αιτία.
2. Σε εξαιρετικές περιπτώσεις, κατά τις οποίες τα λειτουργικά έξοδα ενός Π.Μ.Σ. δεν καλύπτονται εξ ολοκλήρου από τις ως άνω πηγές χρηματοδότησης, μέρος των λειτουργικών του εξόδων μπορεί να καλύπτεται από τέλη φοίτησης.
3. Για τη χρηματοδότηση της περίπτ. β΄ της παρ. 1 προσμετράται θετικά το γεγονός της λειτουργίας Π.Μ.Σ. χωρίς τέλη φοίτησης.
4. Η διαχείριση των εσόδων των Π.Μ.Σ. γίνεται από τον Ε.Λ.Κ.Ε. και κατανέμεται ως εξής:
α) 70% λειτουργικά έξοδα του προγράμματος τα οποία κατανέμονται σε δαπάνες διδασκαλίας, διοικητικής και τεχνικής υποστήριξης, μετακινήσεων, εξοπλισμού, λογισμικού, αναλώσιμων, χορήγησης υποτροφιών σε μεταπτυχιακούς φοιτητές και λοιπές δαπάνες. Οι δαπάνες αποζημίωσης του τακτικού διδακτικού, τεχνικού και διοικητικού προσωπικού των Ιδρυμάτων αφορά σε εργασία που υπερβαίνει τις κατά νόμο υποχρεώσεις τους.
β) 30% για κάλυψη λειτουργικών εξόδων του Ιδρύματος, με προτεραιότητα στην κάλυψη των αναγκών των Π.Μ.Σ. που λειτουργούν χωρίς τέλη φοίτησης.
5. Η κατανομή της προηγούμενης παραγράφου δεν ισχύει στην περίπτωση δωρεάς, κληροδοτήματος ή χορηγίας για συγκεκριμένο σκοπό, καθώς και για κρατικές επιχορηγήσεις.
6. Τα Α.Ε.Ι. οφείλουν να δημοσιεύουν ετησίως, με ανάρτηση στην ιστοσελίδα τους, απολογισμό εσόδων – εξόδων, με αναγραφή της κατανομής των δαπανών ανά κατηγορία, και ιδίως του ύψους των τελών φοίτησης, των αμοιβών των διδασκόντων στα Π.Μ.Σ. και του αριθμού των διδασκόντων που τις εισέπραξαν.