1. Τα Π.Μ.Σ. ιδρύονται με απόφαση της Συγκλήτου, που εκδίδεται ύστερα από εισήγηση της Συνέλευσης του Τμήματος, και δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Με την απόφαση ίδρυσης καθορίζονται ο τίτλος του προγράμματος και του απονεμόμενου διπλώματος, οι κατευθύνσεις, το Τμήμα που το οργανώνει, το γνωστικό αντικείμενο, η γλώσσα διεξαγωγής του προγράμματος, η διάρκεια φοίτησης, οι πιστωτικές μονάδες, η διάρκεια της λειτουργίας του, καθώς και τα τυχόν τέλη φοίτησης.
2. Η Συνέλευση του Τμήματος εισηγείται με απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών της. Στην εισήγηση εκτίθενται αναλυτικά:
α) ο τίτλος, το γνωστικό αντικείμενο και ο σκοπός του προγράμματος,
β) οι κατηγορίες των πτυχιούχων που γίνονται δεκτοί,
γ) η χρονική διάρκεια φοίτησης για τη χορήγηση του τίτλου,
δ) οι κατευθύνσεις που τυχόν έχει το πρόγραμμα, οι οποίες δεν μπορεί να είναι περισσότερες από τρεις,
ε) ενδεικτικό πρόγραμμα, ανά κατεύθυνση αν υπάρχουν περισσότερες κατευθύνσεις, των θεωρητικών, εργαστηριακών, καλλιτεχνικών ή κλινικών μαθημάτων, στο οποίο περιλαμβάνεται και η εκπόνηση διπλωματικής εργασίας, οι πρακτικές ασκήσεις και κάθε άλλου είδους ερευνητικές και εκπαιδευτικές δραστηριότητες, καθώς και οι αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες,
στ) η γλώσσα διδασκαλίας και εκπόνησης της διπλωματικής εργασίας, η οποία μπορεί να είναι διάφορη της ελληνικής,
ζ) ο αριθμός των μεταπτυχιακών φοιτητών,
η) οι δυνατότητες και οι ανάγκες του οικείου Τμήματος σε προσωπικό και υλικοτεχνική υποδομή για την απρόσκοπτη λειτουργία του προγράμματος,
θ) το αναλυτικό λειτουργικό κόστος του προγράμματος, οι πηγές χρηματοδότησης και οι εν γένει πόροι της λειτουργίας του,
ι) η ειδική αιτιολόγηση της τυχόν ανάγκης επιβολής τέλους φοίτησης, καθώς και του ύψους του τέλους αυτού σε αναλογία προς τις πάσης φύσεως παροχές προς τους φοιτητές, και
ια) η χρονική διάρκεια λειτουργίας του προγράμματος.
3. Η εισήγηση συνοδεύεται από:
α) μελέτη σκοπιμότητας, στην οποία εκτίθενται αναλυτικά οι επιστημονικοί, επιστημολογικοί και κοινωνικοί λόγοι που καθιστούν αναγκαία και σημαντική τη λειτουργία του Π.Μ.Σ., η συνάφεια του Π.Μ.Σ. με το αντικείμενο του πρώτου κύκλου σπουδών του Τμήματος, η επιστημονική επάρκεια των διδασκόντων ως προς το συγκεκριμένο γνωστικό αντικείμενο, με ανάλογο ερευνητικό και δημοσιευμένο έργο, ο βαθμός σύνδεσης της διδασκαλίας με την έρευνα, καθώς και οι στόχοι του Π.Μ.Σ. και τα κριτήρια βάσει των οποίων θα αξιολογηθεί σύμφωνα με το άρθρο 44,
β) αναλυτικό προϋπολογισμό λειτουργίας κατ’ έτος και για πέντε (5) συνεχή έτη, καθώς και έκθεση βιωσιμότητας του προγράμματος, ο ακριβής τρόπος κατάρτισης των οποίων ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, και
γ) έκθεση του οικείου Τμήματος, από την οποία προκύπτει η ύπαρξη της βασικής υποδομής και του αναγκαίου εξοπλισμού για τη λειτουργία του προγράμματος.
4. Αν το 1/3 των καθηγητών και υπηρετούντων λεκτόρων του οικείου Τμήματος θεωρεί ότι το τέλος φοίτησης που ορίζεται στην εισήγηση είναι υψηλό, ζητά να καταχωρισθούν οι ειδικά αιτιολογημένες αντιρρήσεις του στην εισήγηση προς τη Σύγκλητο, η οποία και αποφαίνεται αιτιολογώντας την απόφασή της.
5. Η εισήγηση διαβιβάζεται στη Σύγκλητο δια της Κοσμητείας, η οποία αν κρίνει την εισήγηση ελλιπή, εντός αποκλειστικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών αναπέμπει στη Συνέλευση του Τμήματος με αιτιολογημένη απόφασή της. Το Τμήμα αφού λάβει υπόψη τις υποδείξεις της Κοσμητείας, υποβάλλει εκ νέου σε αυτήν την εισήγησή του. Αν, εντός αποκλειστικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών, για δεύτερη φορά η Κοσμητεία δεν κάνει αποδεκτή την εισήγηση, το Τμήμα μπορεί να υποβάλει απευθείας την εισήγησή του στη Σύγκλητο.
6. Η απόφαση ίδρυσης του Π.Μ.Σ., προτού δημοσιευθεί στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης, κοινοποιείται στον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Αν ο Υπουργός διαπιστώσει α) ότι υπάρχει πρόδηλη δυσαναλογία μεταξύ των τελών φοίτησης και των παροχών προς τους φοιτητές, ή β) ότι το ύψος των τελών φοίτησης είναι τέτοιο που καθιστά αδύνατη ή δυσχερή τη συμμετοχή σε Π.Μ.Σ. φοιτητών περιορισμένης εισοδηματικής ικανότητας παραβιάζοντας τη γενική ελευθερία πρόσβασης στην παιδεία, ή γ) ότι δεν είναι επαρκώς δικαιολογημένο το λειτουργικό κόστος του προγράμματος, σύμφωνα με την παρ. 4 του άρθρου 37, αναπέμπει με ειδική αιτιολογία την απόφαση στη Σύγκλητο. Αν ο Υπουργός Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων δεν αναπέμψει εντός αποκλειστικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών από την επομένη της κοινοποίησης σε αυτόν, ο Πρύτανης υποχρεούται να δημοσιεύσει την απόφαση στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης και να ενημερώσει ταυτοχρόνως τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, προκειμένου η απόφαση ίδρυσης να αναρτηθεί στην ιστοσελίδα του Υπουργείου.
7. Κάθε πέντε (5) έτη η αξιολόγηση της παρ. 6 του άρθρου 44 κατατίθεται στη Σύγκλητο, η οποία αποφασίζει αν θα συνεχιστεί ή όχι η λειτουργία του Π.Μ.Σ.. Η σχετική απόφαση κοινοποιείται στον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.