1. Όργανα διοίκησης των Κ.Ε.Σ.Υ. είναι ο Προϊστάμενος και ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού.
2. Ως Προϊστάμενος επιλέγεται εκπαιδευτικός ή μέλος του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (Ε.Ε.Π.) σύμφωνα με τις διατάξεις του Κεφαλαίου Γ΄. Ο Προϊστάμενος ασκεί διοικητικά, επιστημονικά και παιδαγωγικά καθήκοντα και εποπτεύεται ως προς την άσκηση των διοικητικών καθηκόντων του από τον Περιφερειακό Διευθυντή Εκπαίδευσης, ενώ ως προς την άσκηση των επιστημονικών και παιδαγωγικών καθηκόντων του από το οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ., σύμφωνα με την παρ. 6. Ο Προϊστάμενος του Κ.Ε.Σ.Υ. παρίσταται στις συνεδριάσεις της Ολομέλειας του οικείου ΠΕ.Κ.Ε.Σ. που αφορούν το συλλογικό προγραμματισμό της δράσης του τελευταίου, καθώς και σε κάθε άλλη περίπτωση που καλείται να παραστεί.
3. Ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού αποτελείται από το σύνολο των εκπαιδευτικών και των μελών του Ε.Ε.Π. που υπηρετούν στο Κ.Ε.Σ.Υ. και λειτουργεί ως διεπιστημονική ομάδα, η οποία οργανώνει το σύνολο των παρεμβάσεων του Κέντρου στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του. Για τη βέλτιστη αντιμετώπιση συγκεκριμένων εκπαιδευτικών και επιστημονικών θεμάτων, ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού μπορεί να συγκροτεί διεπιστημονικές υποομάδες προσωπικού. Οι διεπιστημονικές υποομάδες δεν έχουν μόνιμο χαρακτήρα αλλά ο αριθμός, η σύνθεση, το έργο τους και η διάρκειά τους μπορεί να μεταβάλλονται ανάλογα με τα θέματα που αντιμετωπίζουν. Τα σχετικά με τη λειτουργία των διεπιστημονικών υποομάδων, τις επισκέψεις των διεπιστημονικών υποομάδων στις σχολικές μονάδες και γενικότερα τα θέματα που αφορούν τη συνεργασία των υποομάδων αυτών με τις σχολικές μονάδες και τους εκπαιδευτικούς καθορίζονται στον Ενιαίο Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας των Κ.Ε.Σ.Υ. που εκδίδεται σύμφωνα με την περίπτ. γ΄ της παρ. 1 του άρθρου 18.
4. Με ευθύνη του Προϊσταμένου του Κ.Ε.Σ.Υ., ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού συνεδριάζει τακτικά μία φορά το μήνα και έκτακτα όποτε κρίνεται αναγκαίο και αποφασίζει ιδίως για:
α) κάθε θέμα που εμπίπτει στις αρμοδιότητές του και χρήζει ανταλλαγής απόψεων και λήψης αποφάσεων σε συλλογικό επίπεδο,
β) την αναζήτηση και εφαρμογή μεθόδων και προσεγγίσεων για την επίτευξη των γενικών και ειδικών σκοπών και αρμοδιοτήτων του,
γ) τον ετήσιο συλλογικό προγραμματισμό των δράσεων του Κέντρου, στην αρχή του σχολικού έτους, διατυπώνοντας συγκεκριμένους στόχους σχετικά με την επίτευξη της αποστολής του σύμφωνα με το άρθρο 7,
δ) την παρακολούθηση του συλλογικού προγραμματισμού, κατά τη διάρκεια του σχολικού έτους, με στόχο την επανεξέταση και ανατροφοδότηση του προγραμματισμού αυτού και τη διαρκή βελτίωση της ποιότητας του παρεχόμενου έργου και
ε) την τελική ανατροφοδοτική αποτίμηση του ετήσιου συλλογικού προγραμματισμού δράσης, κατά τη λήξη του σχολικού έτους, με σκοπό την εκτίμηση του βαθμού επίτευξης των στόχων που είχαν τεθεί, τον εντοπισμό των δυσκολιών και προβλημάτων που αντιμετωπίστηκαν κατά την υλοποίηση του προγραμματισμού και τη διατύπωση προτάσεων βελτίωσης για το επόμενο σχολικό έτος.
5. Οι εκθέσεις του συλλογικού προγραμματισμού δράσης και της τελικής ανατροφοδοτικής αποτίμησης υποβάλλονται στο οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ. Στοιχεία των εκθέσεων αυτών καταχωρούνται, με ευθύνη του Προϊσταμένου, στο πληροφοριακό σύστημα myschool, σε ειδικά διαμορφωμένα πεδία για το σκοπό αυτό.
6. Για την παρακολούθηση του συλλογικού προγραμματισμού δράσης και γενικότερα για την παιδαγωγική και επιστημονική εποπτεία του ΚΕ.Σ.Υ. από το οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ., με απόφαση της Ολομέλειας του ΠΕ.Κ.Ε.Σ. συγκροτείται τριμελής επιτροπή παρακολούθησης, η οποία αποτελείται από τον Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου Ειδικής Αγωγής και Ενταξιακής Εκπαίδευσης, έναν Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου των κλάδων ΠΕ60 ή ΠΕ70 και έναν Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου που προέρχεται από τους κλάδους της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης.