1. Τα Γ.Α.Κ συγκροτούνται από την Κεντρική Υπηρεσία (Κ.Υ.), που λειτουργεί ως Γενική Διεύθυνση με προϊστάμενο τον Γενικό Διευθυντή (Γ.Δ.) των Γ.Α.Κ.
2. Η Κ.Υ. είναι αρμόδια για την εποπτεία και το συντονισμό των επιμέρους διευθύνσεων και τμημάτων σε κεντρικό και περιφερειακό επίπεδο και τη λήψη κάθε είδους μέτρου για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας της λειτουργίας των υπηρεσιών.
3. Η Γενική Διεύθυνση των Γ.Α.Κ. συγκροτείται από τις ακόλουθες οργανικές μονάδες:
α) Διεύθυνση Πρόσκτησης και Επεξεργασίας Αρχείων,
β) Διεύθυνση Αρχειακής Έρευνας, Προβολής, Επικοινωνίας, Συντήρησης και Διατήρησης αρχείων,
γ) Διεύθυνση Διοικητικών και Τεχνικών Υπηρεσιών,
δ) Διεύθυνση Συντονισμού Περιφερειακών Υπηρεσιών, στην οποία υπάγονται τα επιμέρους τμήματα των Π.Υ. των Γ.Α.Κ.,
ε) Διεύθυνση Γ.Α.Κ.- Ιστορικό Αρχείο Μακεδονίας, στο οποίο υπάγεται το Τμήμα Αρχείου Χαρτογραφικής Κληρονομιάς (Α.Χ.Α.Κ.), σύμφωνα με το ν. 4109/2013 (Α΄ 176),
στ) Διεύθυνση Γ.Α.Κ – Αρχεία Κέρκυρας, στην οποία υπάγεται και το Αρχειοφυλακείο Παξών όπως μετονομάζεται εφεξής το «Γ.Α.Κ. – Τοπικό Αρχείο Παξών» με έδρα τους Παξούς,
ζ) Διεύθυνση Γ.Α.Κ. – Ιστορικό Αρχείο Ηπείρου