- Η Σύγκλητος του οικείου Α.Ε.Ι. μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας υποβολής των υποψηφιοτήτων, όπως αυτή ορίστηκε στην προκήρυξη, αφού ελέγξει εάν οι υποψήφιοι πληρούν τις προϋποθέσεις εκλογιμότητας κατά το άρθρο 60, καθώς επίσης εάν συντρέχουν τυχόν ασυμβίβαστα σύμφωνα με το άρθρο 61, καταρτίζει ενιαίο ψηφοδέλτιο κάθε συνδυασμού, το οποίο περιλαμβάνει τον υποψήφιο Πρύτανη και τους τέσσερις (4) υποψήφιους Αντιπρυτάνεις.
- Την ευθύνη διεξαγωγής της εκλογικής διαδικασίας έχει πενταμελής Κεντρική Εφορευτική Επιτροπή, με ισάριθμα αναπληρωματικά μέλη. Τα τακτικά και τα αναπληρωματικά μέλη της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής είναι καθηγητές πρώτης βαθμίδας ή αναπληρωτές καθηγητές του Ιδρύματος και ορίζονται με απόφαση της Συγκλήτου, τουλάχιστον δέκα (10) εργάσιμες ημέρες πριν από την ημέρα της ψηφοφορίας. Στη συνεδρίαση της Συγκλήτου για τον ορισμό της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής δεν συμμετέχουν όσα μέλη της Συγκλήτου είναι υποψήφια με κάποιον συνδυασμό. Σε περίπτωση που ο υπηρετών Πρύτανης είναι υποψήφιος με την επιφύλαξη της παρ. 3 του άρθρου 60, κατά τη συζήτηση του θέματος ορισμού της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής προεδρεύει στη Σύγκλητο το αρχαιότερο μέλος Δ.Ε.Π. ανώτερης βαθμίδας της Συγκλήτου. Πρόεδρος της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής ορίζεται το αρχαιότερο μέλος Δ.Ε.Π. ανώτερης βαθμίδας. Η Κεντρική Εφορευτική Επιτροπή, αφού της παραδοθούν οι αιτήσεις των ενδιαφερομένων, εξετάζει την εκλογιμότητά τους και ανακηρύσσει τους υποψηφίους συνδυασμούς μέσα σε δύο (2) εργάσιμες ημέρες από τον ορισμό της. Η Κεντρική Εφορευτική Επιτροπή επιβλέπει τη διεξαγωγή της ψηφοφορίας και εκδίδει το αποτέλεσμα.
- Η εκλογική διαδικασία διεξάγεται αποκλειστικά μέσω ηλεκτρονικής ψηφοφορίας. Αν κανείς από τους υποψήφιους συνδυασμούς δεν συγκεντρώσει την απόλυτη πλειοψηφία ή σε περίπτωση ισοψηφίας, επαναλαμβάνεται, ομοίως μέσω ηλεκτρονικής ψηφοφορίας, την επόμενη εργάσιμη ημέρα μεταξύ των υποψήφιων συνδυασμών που καταλαμβάνουν την πρώτη και τη δεύτερη θέση ή μεταξύ των ισοψηφησάντων συνδυασμών στην πρώτη θέση. Επί νέας άγονης εκλογικής διαδικασίας, επαναλαμβάνεται αυτή, ομοίως μέσω ηλεκτρονικής ψηφοφορίας, την επόμενη εργάσιμη ημέρα, οπότε εκλέγεται ο υποψήφιος που συγκεντρώνει τη σχετική πλειοψηφία των έγκυρων ψήφων. Σε περίπτωση ισοψηφίας, διενεργείται κλήρωση ενώπιον της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής. Αν υπάρχει ένας μόνο υποψήφιος, αυτός εκλέγεται αν συγκεντρώσει τουλάχιστον το ένα τρίτο (1/3) των έγκυρων ψήφων. Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων καθορίζονται οι αναγκαίες λεπτομέρειες ως προς τον τρόπο διεξαγωγής της ηλεκτρονικής ψηφοφορίας.
- Μετά το πέρας της διαδικασίας εκλογής δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως διαπιστωτική πράξη του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων για την εκλογή του Πρύτανη και των τεσσάρων (4) Αντιπρυτάνεων.