1. Την πειθαρχική εξουσία στο Διοικητή ασκούν:
α. Ο Συντονιστής της Αποκεντρωμένης Διοίκησης ως πειθαρχικός προϊστάμενος και
β. Το κοινό πειθαρχικό Συμβούλιο του Υπουργείου Εσωτερικών, Αποκεντρωμένων Διοικήσεων και φορέων.
2. Ο Συντονιστής της Αποκεντρωμένης Διοίκησης δύναται να επιβάλλει στο Διοικητή μέχρι την ποινή του προστίμου έως και τις αποδοχές δύο μηνών. Το πειθαρχικό συμβούλιο δύναται να επιβάλλει οποιαδήποτε πειθαρχική ποινή. Κατά τα λοιπά εφαρμόζονται οι πειθαρχικές διατάξεις του Υπαλληλικού Κώδικα, όπως έχουν τροποποιηθεί και ισχύουν.
3. Ο Διοικητής είναι πειθαρχικός προϊστάμενος όλων των υπαλλήλων και των προϊσταμένων των υπηρεσιών του συνοριακού σταθμού, για τα θέματα των αρμοδιοτήτων του και μπορεί να επιβάλλει μέχρι και την ποινή του προστίμου έως το ένα δεύτερο (1/2) των μηνιαίων αποδοχών, εκτός αν άλλως ορίζεται με τις διατάξεις του παρόντος. Αρμόδιο πειθαρχικό συμβούλιο είναι το πειθαρχικό συμβούλιο της υπηρεσίας, στην οποία υπάγεται ο υπάλληλος. Κατά τα λοιπά, εφαρμόζονται οι πειθαρχικές διατάξεις του Υπαλληλικού Κώδικα, όπως αυτές ισχύουν, ή ειδικότερες διατάξεις της νομοθεσίας, όπου τέτοιες προβλέπονται.
3. Ο Υπουργός Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης μπορεί να διατάσσει έκτακτους ελέγχους από υπαλλήλους του Υπουργείου για τη διαπίστωση της τήρησης των διατάξεων του παρόντος και του Κανονισμού Λειτουργίας . Σε περίπτωση διαπίστωσης παράβασης για τα θέματα των αρμοδιοτήτων του Διοικητή μπορεί ο Υπουργός να επιβάλλει αυτοτελώς πρόστιμο σε αυτόν έως και τις αποδοχές δύο μηνών ή εάν κρίνει ότι η παράβαση είναι σοβαρή να παραπέμψει την υπόθεση στο πειθαρχικό συμβούλιο της παρ. 1.