- Σε κάθε χερσαίο οδικό συνοριακό σταθμό συνιστάται θέση Διοικητή, ο οποίος είναι ο επικεφαλής του σταθμού. Ο Διοικητής διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης για θητεία τεσσάρων ετών που μπορεί να ανανεώνεται για άλλη μία τετραετία. Η θητεία του Διοικητή λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας σε θέση προϊσταμένου γενικής διεύθυνσης, καταβάλλονται δε σε αυτόν οι πάσης φύσεως αποδοχές του γενικού διευθυντή Υπουργείου. Η μισθοδοσία του Διοικητή βαρύνει την οικεία Αποκεντρωμένη Διοίκηση.
- Η επιλογή για τη θέση του Διοικητή γίνεται από το Εθνικό Μητρώο Επιτελικών Στελεχών Δημόσιας Διοίκησης του ν. 4369/2016 (Α΄33) και σύμφωνα με τη διαδικασία που προβλέπεται σε αυτόν. Πέραν των αναφερόμενων τυπικών προσόντων για την εγγραφή στο Εθνικό Μητρώο Επιτελικών Στελεχών Δημόσιας Διοίκησης, για την επιλογή του Διοικητή απαιτείται επιπλέον η καλή γνώση μίας ξένης γλώσσας χώρας της Ευρωπαϊκής ΄Ενωσης, ενώ συνεκτιμάται και η τυχόν εμπειρία τουλάχιστον τριών ετών στη διοίκηση φορέα του δημοσίου τομέα ή οργανικής μονάδας αυτού.
- Η θητεία του Διοικητή των Συνοριακών Σταθμών Καστανιών, Δοϊράνης, Μέρτζιανης και Σαγιάδας λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας σε θέση προϊσταμένου διεύθυνσης, καταβάλλονται δε σε αυτόν οι πάσης φύσεως αποδοχές του διευθυντή Υπουργείου. Η μισθοδοσία του Διοικητή βαρύνει την οικεία Αποκεντρωμένη Διοίκηση.
- Ο Διοικητής του Συνοριακού Σταθμού Ευζώνων έχει στην αρμοδιότητά του και τον σιδηροδρομικό Συνοριακό Σταθμό Ειδομένης και ο Διοικητής του Συνοριακού Σταθμού Καστανεών έχει στην αρμοδιότητά του και τον σιδηροδρομικό Συνοριακό Σταθμό Πυθίου.
- Ο Διοικητής, όταν απουσιάζει η κωλύεται, αναπληρώνεται στα καθήκοντά του από τον ανώτερο σε βαθμό προϊστάμενο δημόσιας υπηρεσίας εξ όσων λειτουργούν στο συνοριακό σταθμό και σε περίπτωση ύπαρξης περισσοτέρων ομοιόβαθμων, από τον αρχαιότερο εξ αυτών.
- Ο Διοικητής μπορεί να παύεται πριν τη λήξη της θητείας του, πέραν των λόγων που αναφέρονται στο ν. 4369/2016 για τους επιλεγέντες από το Εθνικό Μητρώο Επιτελικών Στελεχών Δημόσιας Διοίκησης, και είτε λόγω αδυναμίας εκτέλεσης των καθηκόντων του ή για άλλο σοβαρό λόγο, που ανάγεται στην άσκηση αυτών, με ειδικώς αιτιολογημένη απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
- Για τη διοικητική υποστήριξη του Διοικητή επιτρέπεται η απόσπαση μέχρι τεσσάρων υπαλλήλων από το δημόσιο, νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου, ΟΤΑ πρώτου και δεύτερου βαθμού και τα νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου αυτών ή από άλλους φορείς του δημόσιου τομέα, κατά παρέκλιση κάθε γενικής ή ειδικής διάταξης. Η απόσπαση διενεργείται για ίσο χρόνο με τη θητεία του Διοικητή και μπορεί να ανανεωθεί, εάν ανανεωθεί η θητεία αυτή. Η απόσπαση και η ανανέωσή της γίνεται με κοινή απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και του συναρμοδίου Υπουργού, η δε μισθοδοσία του αποσπώμενου υπαλλήλου βαρύνει τον προϋπολογισμό της Αποκεντρωμένης Διοίκησης.