Κάθε έργο που διενεργείται ή παρέχεται από τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου διαρθρώνεται σε στάδια ως εξής:
1. Διαβεβαιωτικό/ελεγκτικό: α) ανάθεση, β) σχεδιασμός, γ) διενέργεια, δ) σύνταξη προσωρινής έκθεσης, ε) οριστικοποίηση και υποβολή της έκθεσης.
2. Συμβουλευτικό: α) ανάθεση, β) σχεδιασμός, γ) διενέργεια, δ) σύνταξη και υποβολή της έκθεσης.