1. Έως τις 31 Μαρτίου κάθε έτους, ο Προϊστάμενος της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου υποβάλλει την Ετήσια Έκθεση του προηγούμενου έτους, στον επικεφαλής του φορέα και στην Επιτροπή Ελέγχου. Η Έκθεση συντάσσεται σύμφωνα με τα Διεθνή Πρότυπα για την Επαγγελματική Εφαρμογή του Εσωτερικού Ελέγχου.
2. Η Ετήσια Έκθεση κοινοποιείται αμελλητί στο Ελεγκτικό Συνέδριο, στην Εθνική Αρχή Διαφάνειας και στη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών.
3. Ο Προϊστάμενος της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου παρέχει Γνώμη στον επικεφαλής του φορέα, για τη συνολική επάρκεια των ενεργειών, διαδικασιών και της διακυβέρνησης, τη διαχείριση κινδύνων και τις δικλίδες ελέγχου σε συνολικό επίπεδο ή για μεμονωμένες διαδικασίες, λειτουργίες και τμήματα του φορέα. Η Γνώμη συνοδεύει την Ετήσια Έκθεση που υποβάλλεται στον επικεφαλής του φορέα, βασίζεται στα αποτελέσματα του έργου και των δραστηριοτήτων της Μονάδας και λαμβάνει τη μορφή της διαβεβαίωσης (θετικής, αρνητικής ή με επιφύλαξη).