Η λειτουργία του εσωτερικού ελέγχου είναι ανεξάρτητη. Η λειτουργική ανεξαρτησία διασφαλίζεται με την οργανωτική υπαγωγή της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου απευθείας στον επικεφαλής του φορέα, καθώς και με τη σύσταση και λειτουργία της Επιτροπής Ελέγχου.
Η λειτουργία του εσωτερικού ελέγχου είναι ανεξάρτητη. Η λειτουργική ανεξαρτησία διασφαλίζεται με την οργανωτική υπαγωγή της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου απευθείας στον επικεφαλής του φορέα, καθώς και με τη σύσταση και λειτουργία της Επιτροπής Ελέγχου.