1. Το Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου διαρθρώνεται σε τρία επίπεδα (γραμμές ρόλων), με αρμοδιότητες και ευθύνες, που έχουν ως σκοπό την επίτευξη των αντικειμενικών στόχων του φορέα.
2. Στο Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου επιμερίζονται ανά επίπεδο διαφορετικές αρμοδιότητες και ρόλοι στο ευρύτερο πλαίσιο διακυβέρνησης του φορέα:
α) Η πρώτη γραμμή περιλαμβάνει τις οργανικές μονάδες, καθώς και το σύνολο των υπαλλήλων με οποιαδήποτε σχέση εργασίας, που ασκούν τις επιχειρησιακές λειτουργίες του φορέα.
β) Η δεύτερη γραμμή περιλαμβάνει τις οργανικές μονάδες και τα μονοπρόσωπα ή συλλογικά όργανα του φορέα που έχουν ως αρμοδιότητα τη διασφάλιση της τήρησης της νομιμότητας, τη διαχείριση των κινδύνων που απειλούν την εύρυθμη λειτουργία του φορέα, καθώς και τη συνολική παρακολούθηση και αξιολόγηση των δικλίδων ελέγχου, που εκτελούνται από την πρώτη γραμμή ρόλων.
γ) Η τρίτη γραμμή περιλαμβάνει τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία παρέχει στον επικεφαλής του φορέα εύλογη διαβεβαίωση και συμβουλευτικές υπηρεσίες σχετικά με την επάρκεια και την αποτελεσματικότητα του πλαισίου διακυβέρνησης, της διαχείρισης των κινδύνων και των επιμέρους στοιχείων και δικλίδων ελέγχου του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, που αποτελούν αρμοδιότητα των δύο πρώτων γραμμών ρόλων.
3. Οι Εσωτερικοί Ελεγκτές δεν αναλαμβάνουν επιχειρησιακά καθήκοντα, ούτε την ευθύνη διαχείρισης του φορέα.