Μέχρι την έναρξη της πρώτης προγραμματικής περιόδου του ΕΠΑ, η οποία ορίζεται για την 01/01/2021, με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης ρυθμίζονται θέματα σχετικά με το συντονισμό των φορέων και των ενεργειών για την προετοιμασία του ΕΠΑ, τον προσδιορισμό των προγραμματικών στόχων της μεταβατικής περιόδου, τη διαδικασία ένταξης έργων στο ΠΔΕ για χρηματοδότηση από το εθνικό σκέλος του, τη διαδικασία παρακολούθησης αυτών και κάθε άλλο σχετικό θέμα.
Με όμοια απόφαση εγκρίνεται πρόγραμμα ενεργειών τεχνικής βοήθειας για το ΕΠΑ με δικαιούχο τη Δι.Δι.Ε.Π. και με περίοδο επιλεξιμότητας δαπανών που αρχίζει από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου και λήγει ένα έτος μετά το πέρας της μεταβατικής περιόδου. Με την ίδια απόφαση καθορίζεται ο προϋπολογισμός του προγράμματος, σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στο άρθρο 17, και μπορεί να προσδιορίζονται και λοιποί δικαιούχοι ενεργειών. Το πρόγραμμα περιλαμβάνει ενέργειες αναγκαίες για την κατάρτιση, την ενημέρωση και το σχεδιασμό της υλοποίησης του ΕΠΑ, την πραγματοποίηση των επιτόπιων επιθεωρήσεων της παρ. Β.3 του άρθρου 12 και την υποστήριξη της υλοποίησης των Ειδικών Προγραμμάτων και υλοποιείται με κατ’ αναλογία εφαρμογή της υπ’ αριθ. 23451/ΕΥΣΣΑ 493/24.2.2017 (Β΄ 677) απόφασης του Αναπληρωτή Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης, όπως εκάστοτε ισχύει, χωρίς διάκριση υποπρογραμμάτων.